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[GROMACS] 请教:关于大分子与溶剂分子的独立控温

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老师好,请问高分子链和非高分子链(溶剂分子和溶质小分子)该独立控温吗?如果该独立控温,高分子链以外的较小的分子该被一起控温吗?为何对两类粒子独立控温就可避免“热溶剂、冷溶质”现象?
研究的体系含有的粒子:在溶剂环境中,高分子、锂离子和多硫离子
谢谢!
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发表于 Post on 2019-1-31 01:15:27 | 只看该作者 Only view this author
如果你的高分子尺寸较大,最好将高分子和非高分子作为两个组分别控温
此现象根本因素在于相互作用计算误差对于小分子溶剂和大分子是不同的。相关讨论可以看J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1293

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yihanxu + 2 谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-31 02:00:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-30 11:15
如果你的高分子尺寸较大,最好将高分子和非高分子作为两个组分别控温
此现象根本因素在于相互作用计算误差 ...

控温的时候也可以用多个控温组吗?
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发表于 Post on 2019-1-31 02:37:52 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-1-31 02:00
控温的时候也可以用多个控温组吗?

显然可以啊
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-31 03:21:59 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师
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