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[GROMACS] 请问怎样为electrolyte创建一个分子动力学盒子呢?

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发表于 2019-2-8 06:31:03 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 yihanxu 于 2019-2-8 23:11 编辑

老师好,大家好,请问怎样为electrolyte创建一个分子动力学盒子呢?谢谢。
已知:
electrolyte含有:两种溶剂分子(体积比1:1)+一种盐(Li离子+阴离子,盐在electrolyte中的浓度为1M)
可以按这种思路吗:

1. 建立一个盒子,名为solvent.gro包含两种溶剂(体积比1:1)
2. 建立一个盐盒子,名为salt.gro
3. 用gmx solvate -cs solvent.gro把solvent.gro中的分子填到salt.gro,新盒子为electrolyte.gro
另外:如果用了gmx solvate -cs 命令,solvent.gro的盒子尺寸是不是一定要大于salt.gro,否则溶剂分子填不满salt.gro的空间?最后生成的electrolyte.gro尺寸与salt.gro是不是相等?
谢谢。




你看这巍巍高山延绵不绝,正如人生负重前行。

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发表于 2019-2-10 04:33:00 | 显示全部楼层
直接用packmol就完了,数目精确可控,设置方便。虽然给出的盒子肯定一开始密度偏低,而且由于没考虑离子的带电情况会导致有些位置一开始可能有很强的静电互斥,但跑一下EM和NPT就好了(如果NPT崩溃,步长设小点)。

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发表于 2019-2-10 16:33:16 | 显示全部楼层
我的问题是 packmol 建的盒子如何产生gromacs的top文件?

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发表于 2019-2-10 16:50:00 | 显示全部楼层
MilkTeaLegend 发表于 2019-2-10 16:33
我的问题是 packmol 建的盒子如何产生gromacs的top文件?

自己想办法得到各个分子的itp文件(对于有机小分子的情况看《几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具》http://sobereva.com/266),自己写top文件并将之引入,注意[molecules]字段里的顺序必须和结构文件里的顺序一致
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