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[Amber] 关于SPC、SPC/E水的疑问

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发表于 2019-2-11 18:40:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
文献中常看到分子模拟中的水采用TIP3P、SPC/E水,在amber18里面TIP3P很容易就加进去>tleap
>source leaprc.water.tip3p
>solvatebox name TIT3PBOX 12.0
但是,如果想加入SPC/E水,按照相同的方法却找不到SPC/E的词,只有SPC和SPCBOX。

>source leaprc.water.spce
>list
AG        AL        Ag        BA        BR        Be        CA        CD       CE        CHCL3BOX  CL        CO        CR        CS        CU        CU1       Ce        Cl-       Cr        DC4       Dy        EU        EU3       Er        F         FB3       FB3BOX    FB4       FB4BOX    FE        FE2       GD3       H3O+      HE+       HG        HOH       HZ+       Hf        IN        IOD       K         K+        LA        LI        LU        MEOHBOX   MG        MN        NA        NH4       NI        NMABOX    Na+       Nd        OP3       OPC       OPC3BOX   OPCBOX    PB        PD        PL3       POL3BOX   PR        PT        Pu        QSPCFWBOX RB        Ra        SM        SPC       SPCBOX    SPCFWBOX    SPF       SPG       SR        Sm        Sn        T4E       TB        TIP3PBOX   TIP3PFBOX TIP4PBOX  TIP4PEWBOXTIP5PBOX  TL        TP3       TP4       TP5       TPF       Th        Tl        Tm        U4+       V2+       WAT       Y         YB2       ZN        Zr        


我查了一下manual,里面说“The SPC/E and SPC/Eb models are both called SPC: you just have to be sure to load the appropriate frcmod file”,我不知道如何操作。

所以请问Sob老师,amber里面加入SPC/E水模型,应该具体如何操作?

谢谢老师

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层
你用了source leaprc.water.spce,由于从此文件内容可见包含了loadAmberParams frcmod.spce语句,因此你当前的SPC参数已经已经对应了SPC/E的参数。加水就用SPCBOX加,之后saveamberparm保存出来就是对应用SPC/E的情况。SPC/E水可以用SPCBOX加,没有单独的SPCEBOX。
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 楼主| 发表于 3 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-2-12 05:14
你用了source leaprc.water.spce,由于从此文件内容可见包含了loadAmberParams frcmod.spce语句,因此你当 ...

谢谢sob,非常给力
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