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[GROMACS] 请问什么情况用周期性退火、什么情况用单次退火

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本帖最后由 yihanxu 于 2019-2-20 22:22 编辑

sob老师好,大家好,请问什么情况用周期性退火、什么情况用单次退火、什么情况不做退火,谢谢。
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发表于 Post on 2019-2-21 15:37:43 | 只看该作者 Only view this author
为了找到多个极小点结构、继而试图从中找到最小点

只为了找到其中一个极小点的时候,或者已知当前结构离最小点或是离要研究的构象比较接近的时候

已知当前结构就在最小点或是要研究的构象附近,则直接做能量极小化就行了

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yihanxu + 4 谢谢!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-22 08:49:01 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2019-2-21 01:37
为了找到多个极小点结构、继而试图从中找到最小点

只为了找到其中一个极小点的时候,或者已知当前结构离 ...

谢谢您的回复!可以请问一下周期性退火的温度的峰值该设多高呢?
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发表于 Post on 2019-2-22 16:48:26 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-2-22 08:49
谢谢您的回复!可以请问一下周期性退火的温度的峰值该设多高呢?

这纯看经验,每类结构不一样,能达到退火的目标就好了。温度低了需要跑的时间很长,温度高了结构可能散架,所以基本上是“能长时间不散架的最高温度”。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-23 01:15:02 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2019-2-22 02:48
这纯看经验,每类结构不一样,能达到退火的目标就好了。温度低了需要跑的时间很长,温度高了结构可能散架 ...

感谢!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-6 21:22:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yihanxu 于 2019-7-8 09:01 编辑

@sobereva 老师好,如果目的是考察一个周期性边长10nm的溶剂盒子中的两种溶质间的相互作用,这种情况需要做退火吗,计算过程是 EM --> EQ --> Prod 还是 EM --> EQ --> Annealing --> Prod?
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