请问什么情况用周期性退火、什么情况用单次退火

yihanxu · 发表于 Post on 2019-2-21 12:21:26

本帖最后由 yihanxu 于 2019-2-20 22:22 编辑

sob老师好，大家好，请问什么情况用周期性退火、什么情况用单次退火、什么情况不做退火，谢谢。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2019-2-21 15:37:43

为了找到多个极小点结构、继而试图从中找到最小点

只为了找到其中一个极小点的时候，或者已知当前结构离最小点或是离要研究的构象比较接近的时候

已知当前结构就在最小点或是要研究的构象附近，则直接做能量极小化就行了

yihanxu · 发表于 Post on 2019-2-22 08:49:01

liyuanhe211 发表于 2019-2-21 01:37
为了找到多个极小点结构、继而试图从中找到最小点

只为了找到其中一个极小点的时候，或者已知当前结构离 ...

谢谢您的回复！可以请问一下周期性退火的温度的峰值该设多高呢？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2019-2-22 16:48:26

yihanxu 发表于 2019-2-22 08:49
谢谢您的回复！可以请问一下周期性退火的温度的峰值该设多高呢？

这纯看经验，每类结构不一样，能达到退火的目标就好了。温度低了需要跑的时间很长，温度高了结构可能散架，所以基本上是“能长时间不散架的最高温度”。

yihanxu · 发表于 Post on 2019-2-23 01:15:02

liyuanhe211 发表于 2019-2-22 02:48
这纯看经验，每类结构不一样，能达到退火的目标就好了。温度低了需要跑的时间很长，温度高了结构可能散架 ...

感谢！

yihanxu · 发表于 Post on 2019-7-6 21:22:32

本帖最后由 yihanxu 于 2019-7-8 09:01 编辑

@sobereva 老师好，如果目的是考察一个周期性边长10nm的溶剂盒子中的两种溶质间的相互作用，这种情况需要做退火吗，计算过程是 EM --> EQ --> Prod 还是 EM --> EQ --> Annealing --> Prod?

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 请问什么情况用周期性退火、什么情况用单次退火

评分 Rate

评分 Rate