新手求助用lammps如何计算rdf

灰天皮匠 · 发表于 Post on 2019-2-21 16:57:59

lammps手册中搜索关键词是RDF的部分看了几遍，依旧是一头雾水。网上找到的资料也不齐全，想请问各位老师有没有一些计算RDF的算例可以学习一下。

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-21 21:43:09

轨迹载入VMD，利用自带的计算rdf的插件（extension-analysis里）

灰天皮匠 · 发表于 Post on 2019-2-22 15:00:56

本帖最后由灰天皮匠于 2019-2-22 15:20 编辑

sobereva 发表于 2019-2-21 21:43
轨迹载入VMD，利用自带的计算rdf的插件（extension-analysis里）

我在网上找了一下资料，尝试将dump文件导入VMD中计算RDF，但是我的体系不是正交晶胞，计算RDF时会报错，如果把角度直接改成正交，那计算结果还可靠吗？如果不改，想请教sob老师该怎么办。

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-22 22:37:28

灰天皮匠发表于 2019-2-22 15:00
我在网上找了一下资料，尝试将dump文件导入VMD中计算RDF，但是我的体系不是正交晶胞，计算RDF时会报错， ...

lammps我不熟悉
光改个晶胞夹角应该没用，至少也得处理一下轨迹（VMD自带的pbc工具也许可以），修正成正交晶胞的

灰天皮匠 · 发表于 Post on 2019-3-1 17:51:56

sobereva 发表于 2019-2-22 22:37
lammps我不熟悉
光改个晶胞夹角应该没用，至少也得处理一下轨迹（VMD自带的pbc工具也许可以），修正成正 ...

sob老师，我的windows版本的VMD出错了，然后学习装linux版本的，也是各种报错。直到今天终于成功地用pbctool把晶胞变成了正交晶系，但是在计算g(r)的时候晶胞并不是正交的。我猜测是不是应该先把转换后的轨迹文件导出，再导入一次后进行计算？想请教sob老师这个原因是什么，以及如何导出轨迹文件。

排盘小黄瓜 · 发表于 Post on 2020-9-24 09:05:26

楼主你好，我也做的是非正交的系统，想请教一下如何用pbctool把晶胞变成了正交晶系，有没相关例子

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-9-24 20:11:37

排盘小黄瓜发表于 2020-9-24 09:05
楼主你好，我也做的是非正交的系统，想请教一下如何用pbctool把晶胞变成了正交晶系，有没相关例子

输入pbc set {a b c α β γ} -all

benzon222 · 发表于 Post on 2021-2-17 07:49:32

熟悉gromacs就用lammps输出xtc文件，之后用gromacs做rdf

iamthezhao · 发表于 Post on 2022-8-3 18:10:56

benzon222 发表于 2021-2-17 07:49
熟悉gromacs就用lammps输出xtc文件，之后用gromacs做rdf

gromacs不是还要tpr吗，单纯输出xtc可以用来计算rdf吗

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-4 06:01:17

iamthezhao 发表于 2022-8-3 18:10
gromacs不是还要tpr吗，单纯输出xtc可以用来计算rdf吗

gmx rdf不需要tpr。但是需要提供一个含有结构信息的文件，哪怕通用的pdb格式也可以

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