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[GROMACS] x2top生成拓扑文件和cm5电荷计算疑问

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发表于 2019-2-26 13:59:06 | 显示全部楼层 |阅读模式
大家好,我想要模拟图中周期性材料和水的混合,设想的情况是这层材料在盒子中间,上下分布水分子,run一段时间后观察水的分布。目前是有这个材料的pdb文件,我按照Sob老师生成石墨烯拓扑结构的教程修改oplsaa力场,增加了针对这个材料的n2t(如图2),就是从每个C、N和周围原子的键长分布去考虑的,但是在电荷那块不知道怎么写,教程里写了0.00,我想问的是Q1:如果我这里写了C是 “opls_145  0.00”,那么这个C原子的电荷在模拟就会被考虑为0吗?
因为我觉得这里电荷分布还是比较重要的,看到sob老师写了用multiwfn计算cm5电荷后结合oplsaa力场可以,我就用pdb文件拖到multiwfn3.5算了主功能7的子功能16,
Q2:但是得到的chg文件里,最后那列电荷的数值怎么感觉不太对,都在6多?不知道是哪里操作的问题。Q3:如果我得到了每个类型的C、N的电荷,那就是把它写到n2t文件的电荷那列就可以吗?

谢谢大家!~请多多指教

图1.材料

图1.材料

图2.n2t文件

图2.n2t文件

cm5charge

cm5charge




C5N2_p_noH_cm5charge.chg

26.58 KB, 下载次数: 0

cm5charge.chg

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发表于 2019-2-26 16:20:21 | 显示全部楼层
1 最终到底用了什么原子电荷,是拓扑文件里[atoms]字段里体现的

2 输入文件显然不能用pdb,根本都不含有波函数信息,依赖于电子密度的CM5电荷显然不可能算出来。得用起码包含GTF信息的输入文件,诸如fch、wfn等,仔细看:
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html

3 是
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发表于 2019-3-8 09:23:15 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-2-26 16:20
1 最终到底用了什么原子电荷,是拓扑文件里[atoms]字段里体现的

2 输入文件显然不能用pdb,根本都不含有 ...

请问下sob老师,计算cm5电荷一般用什么级别的方法和基组比较准确?

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发表于 2019-3-8 11:56:12 | 显示全部楼层
苏玖染 发表于 2019-3-8 09:23
请问下sob老师,计算cm5电荷一般用什么级别的方法和基组比较准确?

不能太烂(不能低于B3LYP/6-31G*),但也绝对不需要太高(最高用到B3LYP/def2-TZVP就足矣),具体适合什么级别看你的体系大小和计算能力
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发表于 2020-10-29 13:24:56 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-3-8 11:56
不能太烂(不能低于B3LYP/6-31G*),但也绝对不需要太高(最高用到B3LYP/def2-TZVP就足矣),具体适合什 ...

老师,请教一个问题:比如我想算SO42- 用OPLS-AA力场,原子电荷是建议用CM5*1.2, 但是我本身SO42- 有两个负电荷,乘以1.2后就是-2.4e了,那怎么办?

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公社社长+计算化学玩家

发表于 2020-10-31 09:30:43 | 显示全部楼层
Aristotler 发表于 2020-10-29 13:24
老师,请教一个问题:比如我想算SO42- 用OPLS-AA力场,原子电荷是建议用CM5*1.2, 但是我本身SO42- 有两个 ...

用RESP电荷

另外,不为整数也不意味着就不合理,例如0.8*OPLS-2009IL离子液体力场将离子的原子电荷都乘了0.8,导致离子的净电荷绝对值也为0.8。实际上此力场里直接就有和硫酸根很类似的阴离子,自行稍微改一下弄成硫酸根也可以。
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发表于 2020-11-2 09:34:51 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-10-31 09:30
用RESP电荷

另外,不为整数也不意味着就不合理,例如0.8*OPLS-2009IL离子液体力场将离子的原子电荷都 ...

好的,谢谢老师的指导
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