x2top生成拓扑文件和cm5电荷计算疑问

鱼叉君 · 发表于 Post on 2019-2-26 13:59:06

大家好，我想要模拟图中周期性材料和水的混合，设想的情况是这层材料在盒子中间，上下分布水分子，run一段时间后观察水的分布。目前是有这个材料的pdb文件，我按照Sob老师生成石墨烯拓扑结构的教程修改oplsaa力场，增加了针对这个材料的n2t(如图2），就是从每个C、N和周围原子的键长分布去考虑的，但是在电荷那块不知道怎么写，教程里写了0.00，我想问的是Q1：如果我这里写了C是 “opls_145 0.00”，那么这个C原子的电荷在模拟就会被考虑为0吗？
因为我觉得这里电荷分布还是比较重要的，看到sob老师写了用multiwfn计算cm5电荷后结合oplsaa力场可以，我就用pdb文件拖到multiwfn3.5算了主功能7的子功能16，
Q2：但是得到的chg文件里，最后那列电荷的数值怎么感觉不太对，都在6多？不知道是哪里操作的问题。Q3：如果我得到了每个类型的C、N的电荷，那就是把它写到n2t文件的电荷那列就可以吗？

谢谢大家！~请多多指教

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-26 16:20:21

1 最终到底用了什么原子电荷，是拓扑文件里[atoms]字段里体现的

2 输入文件显然不能用pdb，根本都不含有波函数信息，依赖于电子密度的CM5电荷显然不可能算出来。得用起码包含GTF信息的输入文件，诸如fch、wfn等，仔细看：
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

3 是

苏玖染 · 发表于 Post on 2019-3-8 09:23:15

sobereva 发表于 2019-2-26 16:20
1 最终到底用了什么原子电荷，是拓扑文件里[atoms]字段里体现的

2 输入文件显然不能用pdb，根本都不含有 ...

请问下sob老师，计算cm5电荷一般用什么级别的方法和基组比较准确？

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-8 11:56:12

苏玖染发表于 2019-3-8 09:23
请问下sob老师，计算cm5电荷一般用什么级别的方法和基组比较准确？

不能太烂（不能低于B3LYP/6-31G*），但也绝对不需要太高（最高用到B3LYP/def2-TZVP就足矣），具体适合什么级别看你的体系大小和计算能力

Aristotler · 发表于 Post on 2020-10-29 13:24:56

sobereva 发表于 2019-3-8 11:56
不能太烂（不能低于B3LYP/6-31G*），但也绝对不需要太高（最高用到B3LYP/def2-TZVP就足矣），具体适合什 ...

老师，请教一个问题：比如我想算SO42- 用OPLS-AA力场，原子电荷是建议用CM5*1.2, 但是我本身SO42- 有两个负电荷，乘以1.2后就是-2.4e了，那怎么办？

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-31 09:30:43

Aristotler 发表于 2020-10-29 13:24
老师，请教一个问题：比如我想算SO42- 用OPLS-AA力场，原子电荷是建议用CM5*1.2, 但是我本身SO42- 有两个 ...

用RESP电荷

另外，不为整数也不意味着就不合理，例如0.8*OPLS-2009IL离子液体力场将离子的原子电荷都乘了0.8，导致离子的净电荷绝对值也为0.8。实际上此力场里直接就有和硫酸根很类似的阴离子，自行稍微改一下弄成硫酸根也可以。

Aristotler · 发表于 Post on 2020-11-2 09:34:51

sobereva 发表于 2020-10-31 09:30
用RESP电荷

另外，不为整数也不意味着就不合理，例如0.8*OPLS-2009IL离子液体力场将离子的原子电荷都 ...

好的，谢谢老师的指导

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