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[GROMACS] 构建了一个晶体模型,怎么计算并消除它的偶极矩

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我用MS创建了一个晶体模型,并对模型进行了一些修改。
然后我应该怎么计算并消除它的偶极矩。

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发表于 Post on 2019-2-28 17:14:04 | 只看该作者 Only view this author
什么叫消除它的偶极矩?用什么程序模拟?
基于分子力场的计算通过原子电荷体现电荷分布,不设电荷则晶胞就没有偶极矩。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-28 17:21:33 | 只看该作者 Only view this author
就是把晶体的电荷平均分布
用gromacs模拟

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发表于 Post on 2019-2-28 17:35:22 | 只看该作者 Only view this author
晶胞的电荷必然为0,平均分布就等于所有原子电荷为0,显然什么都不设就是0
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-28 17:42:49 | 只看该作者 Only view this author
晶胞整体电荷是0,但经过我的切割,切割面电荷不平均,想怎么平均表面电荷?

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发表于 Post on 2019-2-28 18:01:08 | 只看该作者 Only view this author
自行把切割面上的原子电荷取平均再设定电荷
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-28 18:24:31 | 只看该作者 Only view this author
谢谢帮助,我还想问一下,切割面平均电荷和非切割面平均电荷不同,要不要再平均一下?

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发表于 Post on 2019-3-1 00:22:56 | 只看该作者 Only view this author
首先我对你说的平均分布化处理并不很了解。但在我来看,不同的面没必然性非得互相平均,毕竟实际特征、环境不同
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-1 11:30:20 | 只看该作者 Only view this author
我现在想用Dmol3来进行dipole correction,使用默认参数,报错,no global confinement specs in BASFILE。这是晶体结构,怎么处理报错

100.pdb

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