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[新手求助] 用高斯计算分子键能的问题

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我已用高斯计算过键的解离能方式来求键能,昨天在论坛中发现有人说用单点能计算的分子能量减去两个片段能量之和也可以求键能。我为了验证这个说法,进行了多次的单点能计算键能的方式,通过设置基组、方法等,求出的均为一个负值,且相差较大。我计算的分子键能参考值为正值,请问,用单点能计算键能准不准确?实用吗?是用分子的能量减去两个片段能量之和吗?

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发表于 Post on 2019-3-2 15:21:57 | 只看该作者 Only view this author
注意求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”及具体内容(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),我已把你的标题“用高斯计算分子键能”改了,以后请务必注意

发帖时候看清楚板块再发,这点在论坛首页公告栏里明确提醒了,计算问题求助帖不要发到“公社大厅”里,给你移动了,以后注意。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-3-2 15:23:19 | 只看该作者 Only view this author
分子的能量显然比两个片段和要低,分子的能量减去两个片段能量之和显然为负值
计算键能应当用两个片段能量之和减去分子的能量
纯理论计算键能、不需要和实验对比的情况下,直接用电子能量求差,而且也不需要优化片段。仅当需要与实验对比、计算的是BDE的时候才应当用焓
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发表于 Post on 2019-3-2 22:11:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-2 15:23
分子的能量显然比两个片段和要低,分子的能量减去两个片段能量之和显然为负值
计算键能应当用两个片段能量 ...

请问老师,纯理论计算键能,两个片段是只进行单点能计算而不优化结构对吗?

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发表于 Post on 2019-3-2 23:46:22 | 只看该作者 Only view this author
赵小壮 发表于 2019-3-2 22:11
请问老师,纯理论计算键能,两个片段是只进行单点能计算而不优化结构对吗?

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发表于 Post on 2019-5-29 16:48:11 | 只看该作者 Only view this author
赵小壮 发表于 2019-3-2 22:11
请问老师,纯理论计算键能,两个片段是只进行单点能计算而不优化结构对吗?

老师,我先对要计算的分子进行优化,然后将优化的结构分成两个碎片分别计算能量,最后用两碎片的能量减去分子的能量您可以吗?

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发表于 Post on 2019-5-30 08:56:26 | 只看该作者 Only view this author
日枕东皋 发表于 2019-5-29 16:48
老师,我先对要计算的分子进行优化,然后将优化的结构分成两个碎片分别计算能量,最后用两碎片的能量减去 ...

keyi
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发表于 Post on 2020-2-5 20:19:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liusj0228 于 2020-2-5 20:22 编辑
sobereva 发表于 2019-3-2 15:23
分子的能量显然比两个片段和要低,分子的能量减去两个片段能量之和显然为负值
计算键能应当用两个片段能量 ...

老师您好,看了您在帖子中的关于键能计算的回复(http://bbs.keinsci.com/forum.php),用两个片段的能量减去分子的能量。我用这个方法,把苯分子分成两半,用两个片段减去苯分子计算了苯环中C-C键的键能,发现是688kJ/mol,C=C的键能是610kJ/mol,感觉不太对。不太懂什么地方出了问题,是否是这种方法不太适用于环状分子呢,还请老师帮忙分析一下,谢谢!

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发表于 Post on 2020-2-6 02:56:30 | 只看该作者 Only view this author
liusj0228 发表于 2020-2-5 20:19
老师您好,看了您在帖子中的关于键能计算的回复(http://bbs.keinsci.com/forum.php),用两个片段的能量 ...

这种做法完全不能用于苯,切断之后电子结构变得乱七八糟。不是不能用于环状分子,而是没法用于这种牵扯到局部高度共轭、耦合强烈的体系。

这种情况算C-C键键能通过拉普拉斯键级去估计是最理想做法,看下文介绍的那篇文章当中Other molecular properties那一节里面是怎么计算18碳环的键解离能的。
一篇最全面、系统的研究新颖独特的18碳环的理论文章
http://sobereva.com/524http://bbs.keinsci.com/thread-15792-1-1.html

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发表于 Post on 2020-2-6 12:20:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-6 02:56
这种做法完全不能用于苯,切断之后电子结构变得乱七八糟。不是不能用于环状分子,而是没法用于这种牵扯到 ...

谢谢老师,我仔细看看这两个文章!

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发表于 Post on 2021-3-18 15:58:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-6 02:56
这种做法完全不能用于苯,切断之后电子结构变得乱七八糟。不是不能用于环状分子,而是没法用于这种牵扯到 ...

请问sob老师,我看您那篇文章里面有C-C键级和BDE的关系,如果我想算环上C-N和C-S键的BDE,需要自己拟合关系么

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发表于 Post on 2021-3-19 18:23:42 | 只看该作者 Only view this author
xjp1127721434 发表于 2021-3-18 15:58
请问sob老师,我看您那篇文章里面有C-C键级和BDE的关系,如果我想算环上C-N和C-S键的BDE,需要自己拟合关 ...

需要
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发表于 Post on 2021-4-4 16:02:32 | 只看该作者 Only view this author

好嘞,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-7-29 10:58:58 | 只看该作者 Only view this author

请问老师,如果我想要得到的是两种分子(PAH的环状结构)的相对稳定性,是否可以通过使分子破碎成多个个离散原子的的能量差来得到相对解离能呢?这样子粗糙的计算会影响到它们能量的相对大小吗,能得出的结果能让人信服吗

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发表于 Post on 2022-7-29 14:34:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-7-29 14:44 编辑
RES 发表于 2022-7-29 10:58
请问老师,如果我想要得到的是两种分子(PAH的环状结构)的相对稳定性,是否可以通过使分子破碎成多个个 ...

“稳定性”一词是含糊的,没有明确的定义,不能泛泛讨论。如果你处理的是同分异构体、构象异构体等,能量差体现的是热力学稳定性。关于各种类型稳定性的讨论,论坛上有很多帖子,最好把这些都看一两遍
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272

如果是减去各个孤立原子能量,得到的是原子化能,这个物理量前人已经有明确的定义,应该沿用前人的说法。另外,这不能说明“相对稳定性”。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

本版积分规则 Credits rule

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