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[GROMACS] 求助:帮忙看看高分子链的轨迹和力场文件是否都设定合理

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老师好,大家好,我想查看高分子链的力场文件是否都设定合理了,所以跑了个平衡相MD(见附件)。请问能从轨迹来判断力场文件是否设定正确了吗?可否请老师或大家帮忙看一看高分子的初始结构和轨迹是否合理呢?

eq.gro

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fixedeq.xtc

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eq.mdp

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发表于 Post on 2019-3-8 05:42:55 | 只看该作者 Only view this author
看起来没什么问题。但如果没有特别的必要,建议别用PBC

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-9 01:28:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yihanxu 于 2019-3-8 11:36 编辑
sobereva 发表于 2019-3-7 15:42
看起来没什么问题。但如果没有特别的必要,建议别用PBC

谢谢老师!在5-40帧中高分子链运动特别剧烈,请问这和温度不断升高有关吗?与动力学算法有什么关联?还有其他什么主要影响因素呢?
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发表于 Post on 2019-3-9 03:16:39 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-3-9 01:28
谢谢老师!在5-40帧中高分子链运动特别剧烈,请问这和温度不断升高有关吗?与动力学算法有什么关联?还有 ...

一方面是本来体系就喜欢蜷起来,这样势能比较低,而且此时温度还没升到特别高,所以热运动还不足以迫使蜷缩的状态被破坏。另外,本来体系是在真空下,不像溶剂环境下那样受到束缚,所以运动是相当自由的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-12 10:20:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-7 15:42
看起来没什么问题。但如果没有特别的必要,建议别用PBC

老师好,用了您的模板md_nopbc.mdp,得到error: Domain decomposition does not work with nstlist=0,可以问一下怎么解决吗?
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发表于 Post on 2019-3-12 14:53:27 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-3-12 10:20
老师好,用了您的模板md_nopbc.mdp,得到error: Domain decomposition does not work with nstlist=0,可 ...

我基于这个模板文件跑单分子、团簇没遇到过问题

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发表于 Post on 2019-3-12 14:55:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-12 14:53
我基于这个模板文件跑单分子、团簇没遇到过问题

培训班里的孤立体系的例子也都是基于这个跑的

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