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[CASTEP/MS] 表面吸附模型得差分电荷密度怎么做?

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发表于 2019-3-12 20:38:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
RT,用CASTEP模拟了Al吸附在Fe2O3(0001)面上得结构,想用差分电荷密度解释一下Al原子与表面O原子成键,但是做出来得差分电荷密度图不太好,请问应该怎么修改?
另外还有几个问题想请教一下:
1,吸附结构优化后,我用Build-Bondsp-calculate,Al原子与表面O成键了,而表面O原子与底层Fe原子断键了。我主要是想强调一下Al原子吸附后与表面O有作用,不知道用Bonds这个功能正确吗?
2,我计算了Mulliken电荷,在输出文件中读取“Atomic Populations(Mulliken)”下面得结果。Al的Charge为1.31,spin 为0.23 hbar,是否就认为Al的Mulliken是1.31,磁矩是0.23 ub,Al原子失去了1.31电子呢?这样正确吗?
3,导入electron density different 后,Al原子附近没有出现电子云,这不合理啊,应该怎么弄呢?
希望得到各位老师的帮助。

吸附结构

吸附结构
Mulliken.png
差分电荷图.png

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 楼主| 发表于 2019-3-12 20:39:31 | 显示全部楼层
我希望能得到的是表面几层原子的差分电荷图,底层固定的那些原子不想显示。

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发表于 2019-3-13 10:44:50 | 显示全部楼层

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 楼主| 发表于 2019-3-13 10:49:32 | 显示全部楼层
SAI 发表于 2019-3-13 10:44
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MjM5OTA2NTM3Mg==&mid=2649757679&idx=1&sn=d18859bf8e544ff92aa5301d75 ...

谢谢你的回复。这个我看过了,我就是按照这个做的。照理说,吸附的Al周围应该有电子云才对呀,但是我做出来的却没有。我也调整了color maps ,就是得不到想要的结果

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发表于 2019-3-13 11:56:33 | 显示全部楼层
本帖最后由 卡开发发 于 2019-3-13 11:59 编辑
yiranfengbai 发表于 2019-3-13 10:49
谢谢你的回复。这个我看过了,我就是按照这个做的。照理说,吸附的Al周围应该有电子云才对呀,但是我做出 ...

正常情况电荷密度差有得有失,如果设置正负按照两种颜色显示应当显示两种颜色的等值面。你的负值部分没显示,要么是没指定显示,要么是等值面的取值不合适导致无法显示,Al附近的密度变化如果是负的自然就没显示了。还有,勾选了Use Atomic Densities的话可能是算的变形电荷密度,我记得不是很清楚你可以看下手册。

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 楼主| 发表于 2019-3-13 15:11:21 | 显示全部楼层
卡开发发 发表于 2019-3-13 11:56
正常情况电荷密度差有得有失,如果设置正负按照两种颜色显示应当显示两种颜色的等值面。你的负值部分没显 ...

老师,您看这个图,我调整了color maps,在 -0.06875到-0.01875这段会显示Al周围的电子云,我又做了截面的图,总感觉很奇怪。
1.png
2.png

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 楼主| 发表于 2019-3-13 15:13:49 | 显示全部楼层
老师,我主要想得到类似这种的图
3.png

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发表于 2019-3-13 15:55:41 | 显示全部楼层
yiranfengbai 发表于 2019-3-13 15:13
老师,我主要想得到类似这种的图

你要的这个图应该是勾选显示isosurface,然后去到display style-isosurface里面去调整等值面的值,得把显示的选项(具体叫啥选项我不太记得了,你得找找,也是在isosurface的选项卡)改成+/-才会正负值都显示。

网格直接填色也可以,但是色彩范围这些也得调整到合适看起来才比较舒服,最好是能够让颜色随着值变化稍微敏感些,否则就像现在这样一片黄。
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 楼主| 发表于 2019-3-13 16:02:39 | 显示全部楼层
卡开发发 发表于 2019-3-13 15:55
你要的这个图应该是勾选显示isosurface,然后去到display style-isosurface里面去调整等值面的值,得把显 ...

谢谢老师,我改成+/-之后显示正常了。现在还有个问题,怎么只显示上面几个原子或者单独显示一个原子,底下其他的不显示呢?

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发表于 2019-3-13 19:51:16 | 显示全部楼层
yiranfengbai 发表于 2019-3-13 16:02
谢谢老师,我改成+/-之后显示正常了。现在还有个问题,怎么只显示上面几个原子或者单独显示一个原子,底 ...

这种边界比较简单的情况我觉得可能是到display style下面的field选项卡,然后把range从[0,1]改成[0.x,1],具体取多少就看你自己了。
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 楼主| 发表于 2019-3-14 10:26:58 | 显示全部楼层
卡开发发 发表于 2019-3-13 19:51
这种边界比较简单的情况我觉得可能是到display style下面的field选项卡,然后把range从[0,1]改成[0.x,1] ...

谢谢老师,这个问题终于解决了,十分感谢。老师,还有1 和2 这两个问题,希望您能给点建议。

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发表于 2019-3-14 11:49:45 | 显示全部楼层
yiranfengbai 发表于 2019-3-14 10:26
谢谢老师,这个问题终于解决了,十分感谢。老师,还有1 和2 这两个问题,希望您能给点建议。

1、可以参考http://sobereva.com/414,对于CASTEP我认为可以看键级(不过我不知道CASTEP是用的哪种键级),也可以通过ELF和你已经做了的变形密度来看。
2、说法上没问题,但不同的布居分析给出的结果确实会有些许差异,最好看下CASTEP那个hbar的单位到底是怎么定义的。

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 楼主| 发表于 2019-3-14 20:17:42 | 显示全部楼层
卡开发发 发表于 2019-3-14 11:49
1、可以参考http://sobereva.com/414,对于CASTEP我认为可以看键级(不过我不知道CASTEP是用的哪种键级) ...

谢谢老师的指导
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