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[GROMACS] 请教:关于GROMACS的计算耗时

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发表于 2019-3-14 07:30:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
老师好,您在MD班里给过一个信息:if use Intel 16 core to run a job with 20,000 atoms, 2 fs each step, it can finish 50 ns/day. 但是一样的条件下,我们学校的cluster好像达不到50 ns/day. 我和学校计算中心的管理员说了,我们想请教您:Where did you get the information about 50ns/day for 20,000 atoms? We'd like to have a look at the discussion, if there is one, and see if there is any information about the build or inputs that achieves this kind of performance.
非常感谢!



你看这巍巍高山延绵不绝,正如人生负重前行。

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发表于 2019-3-14 08:17:14 | 显示全部楼层
这是我当年用的2*E5 2680v2用gmx 5.x版跑某个体系的结果
这个速度只是个参考,也别太纠结这个。因为影响速度的因素非常多,包括体系特征、mdp参数的设置、gmx的版本、CPU的架构等等。只要你当前的计算条件计算跑你当前的任务不至于太慢就行了。

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