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[GROMACS] gromacs创建十二面体溶剂盒子问题

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
请问各位老师,在创建一个菱形十二面体的溶剂盒子的时候,-box后的盒子边长是指的十二面体的棱长吗?

如果我想构建一个5nm半径的球形溶剂盒子,但是没有球形盒子的选项,就用了最接近的菱形十二面体盒子,那盒子的边长如何设置才能最接近5nm半径的球形盒子呢?



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 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
gmx editconf -f 1nHRC.gro -o 1HRC-PBC.gro -C -bt dodecahedron -box 10

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层
注意求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助",给你改了

注意看置顶的新社员必读贴了解正确的贴图方式,你1L的图没有正确贴上
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 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
本帖最后由 mjluan 于 2019-3-15 15:18 编辑
sobereva 发表于 2019-3-15 10:07
注意求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助",给你改了

注意看置顶的新社员必读贴了解正确的 ...

不好意思老师,我以后一定注意,1L的图我打在了2L上,请问老师,关于我的问题,您有什么解决办法吗,谢谢老师!

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发表于 6 天前 | 显示全部楼层
1球形不是没有周期性边界,所以没有球形,十二面体是最好的了
2 具体的怎么编辑细节
对一般的三斜盒子, -box的参数是三个实数, 为长方体的边长. 对于立方盒子, 菱形十二面体盒子或者截面八面体盒子, 选项-box只需要提供一个数值, 即盒子边长.
http://jerkwin.github.io/GMX/GMXprg/#gmx-editconf-编辑模拟盒子以及转换和操控结构文件翻译-严立京
3 最接近我觉得是类似于高,5*2*61.2%
参考百度百科菱形十二面体是有12个全等的菱形构成的,它有24条棱,14个顶点,构成它的菱形的两条对角线之比为1:根号2。其对偶多面体为立方八面体·菱边长是十二面体高的61.2%,锐角是70.5度,钝角是109.5度

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