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[Amber] NO2在amber中的原子类型该是怎么样?

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发表于 2019-3-16 11:36:19 | 显示全部楼层 |阅读模式
如题。想做一个基于力场的能量分解来解释遇到的问题,但在过程中遇到原子类型分配的问题。查阅了parm99.dat文件,没有找到合适的原子类型。请问大家一般-NO2中的N和O原子的原子类型是啥?

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公社社长

发表于 2019-3-16 16:08:13 | 显示全部楼层
AMBER力场没有完全适合NO2的原子类型,但由于做基于力场的能量分解只有范德华参数会产生影响,parm99.dat里面几种N的范德华参数都相同,所以N用哪种都可以。至于氧,就用O就可以
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