使用VMD搭建无定型SiO2多孔介质

tjuptz · 发表于 Post on 2019-3-19 23:20:18

本帖最后由 tjuptz 于 2019-5-13 22:28 编辑

前些天有同学问能不能帮忙建gyroid形的多空材料，用于吸附研究。一开始以为是在特殊区域内填充，所以想的是用packmol搭建。但是packmol不支持gyroid那种三角函数形式。后来想到这种无机材料用VMD在基体上挖空就好了。所以在学习社长的一些脚本基础上写了个脚本，定义了一个carve命令，通过这个命令，以及控制参数就可挖不同孔洞出来。脚本内容如下：

#第一部分是作图设定
color Display Background white
display rendermode GLSL
display depthcue off
display projection Orthographic
#第二部分是打开文件并设定显示风格
mol new 1.pdb
pbc box
mol modstyle 0 top VDW 1.000000 12.000000
#这个是用法提示
puts "Use like 'carve 1.42 90 90 90'. The value after 'carve' is the threshold between 0 and 1.5 and size of model(90 default)!"
puts "The model carved would be saved automatically as 2.pdb!"
#实际选区。因为用到的1.pdb是MS产生的，几何中心不在原点，所以先挪到原点。切完再挪回去。原方程的周期是1，所以用边长abc进行归一化处理，这里手动输入，默认值为90（因为我用的就是90）
proc carve {val {a 90} {b 90} {c 90}} {
global M_PI
set sel [atomselect top all]
set vec [measure center $sel]
$sel moveby [vecinvert $vec]
set range "not abs{sin(2*$M_PI*x/$a)*cos(2*$M_PI*y/$b)+sin(2*$M_PI*y/$b)*cos(2*$M_PI*z/$c)+sin(2*$M_PI*z/$c)*cos(2*$M_PI*x/$a)}<=$val"
mol modselect 0 top $range
set model [atomselect top $range]
$sel moveby $vec
$model writepdb 2.pdb
}

复制代码

切完除了窗口显示以外，会自动保存到VMD自动目录下为2.pdb。效果就和下面这个图差不多。太懒了，没截图，谷歌搜的一张。

gyroid

carve.tcl (767 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 14)

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