请教关于Gromacs生成pdb文件的几个问题

Frank · 发表于 Post on 2019-3-22 11:30:40

各位老师好，目前我在自学Justin的Gromacs教程, 目的是想用该软件产生一个溶剂和电解质的混合体系稳定结构的pdb文件，目前有几个问题：
1）Justin的教程是先下载蛋白质的pdb文件，然后用pdb2gmx产生gro文件，我的体系不需要蛋白质，只需要溶剂和电解质，那这一步应该怎么处理？用一个空的pdb文件吗？
2）教程用gmx solvate来添加水溶剂分子，如果我想用DMSO作为溶剂，应该怎么修改以及怎么控制溶剂分子的数量？
3）用genion添加离子时，怎么控制离子的种类和数量？
4）在NVT平衡步，gmx mdrun -deffnm nvt，程序报错，只有一个“killed”,想请问Gromacs有没有类似Gaussian的报错信息？
5）想获得体系稳定结构的pdb文件，应该在哪一步 (能量最小化后，NVT NPT平衡后还是production MD之后) 完成后执行什么命令来产生pdb文件？

因为平常主要用量化软件，第一次做分子模拟，可能问题比较初级，在网上也没有找到比较接近的信息，请大家指教，谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-22 12:26:40

就直接用packmol产生溶剂+电解质的盒子就完了，别follow那个教程

看输出文件末尾判断。并且留意grompp过程提示的所有信息，某些不合理性在这个阶段就会体现出来

做平衡相模拟之后就已经称得上是已平衡的结构了。gro文件直接用VMD或者editconf就能转成pdb

Frank · 发表于 Post on 2019-3-28 13:05:28

sobereva 发表于 2019-3-22 12:26
就直接用packmol产生溶剂+电解质的盒子就完了，别follow那个教程

看输出文件末尾判断。并且留意grompp过 ...

社长，学习了您最近的packmol文章，还有个问题想请教，我想模拟的是0.1M Bu4NClO4/MeCN的电解质溶液，用packmol建立初始结构的时候应该怎么确定离子和溶剂的个数（需要电解质溶液的密度？），以及怎么确定simulation box的大小呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-28 23:19:02

Frank 发表于 2019-3-28 13:05
社长，学习了您最近的packmol文章，还有个问题想请教，我想模拟的是0.1M Bu4NClO4/MeCN的电解质溶液，用p ...

怎么填看你具体要求
没有什么特殊情况的话，比如设个5*5*5 nm^3的盒子，用packmol反复尝试，不断增加数目，最多能填多少填多少，然后跑模拟就完了

Frank · 发表于 Post on 2019-3-29 10:36:17

本帖最后由 Frank 于 2019-3-29 10:41 编辑

sobereva 发表于 2019-3-28 23:19
怎么填看你具体要求
没有什么特殊情况的话，比如设个5*5*5 nm^3的盒子，用packmol反复尝试，不断增加数 ...

因为0.1M Bu4NClO4/MeCN 是0.1mol 的Bu4NClO4溶解在1L的溶液（电解质+溶剂）中，所以感觉没有溶液密度的话很难准确计算电解质和溶剂的数量之比，譬如5*5*5nm的盒子，那电解质就是1.25e-22 mol，也就是7~8个电解质分子，但是还是不能准确计算所需溶剂分子的数目(是放入电解质离子后用溶剂分子把盒子填充满吗？如果是，请问packmol有没有命令可以实现非水溶剂的填充？)

谢谢老师

wbn · 发表于 Post on 2019-3-29 10:58:02

Frank 发表于 2019-3-29 10:36
因为0.1M Bu4NClO4/MeCN 是0.1mol 的Bu4NClO4溶解在1L的溶液（电解质+溶剂）中，所以感觉没有溶液密度的 ...

实在没有实验密度的话，只能先根据acetontirle的密度估计一下溶剂分子数量，然后跑一下NPT算一下大致的密度了。否则无论用什么算法使溶剂填满盒子，都没法做到使密度一定很接近实际值。

Frank · 发表于 Post on 2019-3-29 11:56:11

本帖最后由 Frank 于 2019-3-29 11:57 编辑

wbn 发表于 2019-3-29 10:58
实在没有实验密度的话，只能先根据acetontirle的密度估计一下溶剂分子数量，然后跑一下NPT算一下大致的密 ...

谢谢回复，但是就算按照这样处理，在后面跑整个体系NPT的时候盒子的体积也是会变，而电解质数目不变，所以还是会偏离0.1M的实验条件？感觉MD做电解质模拟的这么多，这个应该是个比较常见的问题吧，但是搜到的文献都没讲为什么选择文章中所用的溶剂和离子数目。

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-30 01:32:45

Frank 发表于 2019-3-29 10:36
因为0.1M Bu4NClO4/MeCN 是0.1mol 的Bu4NClO4溶解在1L的溶液（电解质+溶剂）中，所以感觉没有溶液密度的 ...

packmol里想填什么就填什么，完全不限于水
你可以先分别跑MeCN纯物质的NPT获得密度，然后根据分子质量、摩尔比，估计加多少Bu4NClO4合适。数目确定下来了在packmol里就能直接填充。实际模拟出来发现稍微偏离一丁点无所谓

Frank · 发表于 Post on 2019-3-30 11:48:39

sobereva 发表于 2019-3-30 01:32
packmol里想填什么就填什么，完全不限于水
你可以先分别跑MeCN纯物质的NPT获得密度，然后根据分子质量、 ...

谢谢回复。
我现在的想法按照一篇文献(Chem.Asian J. 2006, 1, 516-528)上的方法，建立一个11.84 nm cubic的盒子，这样0.1M的电解质就是100个，然后把剩余空间用MeCN全填充满(经测试，放入2万个溶剂分子后盒子基本满了，或者packmol有相关关键词可以实现溶剂填充所有空间？)，但是构建好后跑MD的时候NPT那一步是不是盒子大小还是会变？电解质分子数目不变，那就不算是0.1M了？请教老师MD中能只跑NVT不跑NPT吗？还是说两步都是必须？

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-30 12:28:35

Frank 发表于 2019-3-30 11:48
谢谢回复。
我现在的想法按照一篇文献(Chem.Asian J. 2006, 1, 516-528)上的方法，建立一个11.84 nm cub ...

跑NVT根本没有任何意义，你事先又不知道实际模拟之后密度应该是多大。
盒子本来就应该变，不变密度就不可能自发调合适。靠packmol填满的地方的密度和实际跑NPT时候的密度显然不一样

努力向上的boy · 发表于 Post on 2021-3-16 17:18:12

默默问一下，群主怎么解决这个问题的，我现在也遇到了这样的问题：
1、我的溶剂体系有几种不同的物质，我很纠结如何放置溶剂的数目达到和实际差不多的范围
2、利用gmx solvate添加水以后，会得到一个水的密度值，这个值是怎么得到的？

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