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[GROMACS] 求助 自己写了个gromacs的拓扑文件,请老师们指点下

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本帖最后由 晓滨MD 于 2019-3-27 20:42 编辑

gromacs刚入门,自己写的甲酚和甲苯体系的拓扑文件,请老师们指点指点哪些地方写的不对,还有一个就是我用Multiwfn计算的RESP电荷应该放在什么地方

cresol_cumene.txt

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钱塘江上潮信来,今日方知我是我。

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发表于 Post on 2019-3-27 20:33:18 | 只看该作者 Only view this author
东西在哪
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-27 20:43:11 | 只看该作者 Only view this author

不好意思,忘记添加了,现在已经有了
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发表于 Post on 2019-3-27 21:24:18 | 只看该作者 Only view this author
这里我补充两个问题麻烦sob老师: (1)opls力场 ffnonbond中  【 atomtypes 】 下
name       bond_type   mass  ***  ***  ***  ***
opls_001   c   6       12.01100
opls_002   o   8       15.99940
这里 name 是代表原子类型名? 这个name 是包含opls_001 和 c 两列吗?  
(2)  这里 的 bond_type 是如何定义的?我如何自己添加的原子类型 这个数字该如何写 他的规则是什么?在哪里看? 感谢老师!!!
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发表于 Post on 2019-3-28 02:29:01 | 只看该作者 Only view this author
文件结构太乱了。而且诸如都#include "oplsaa.ff/cresol.itp"了,却还把cresol.itp里的内容在里面又贴了一遍,完全是不合理的
res下面***明显不是合理的残基名
自己改原子电荷把[atoms]里对应charge的那一列替换成Multiwfn算的即可
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-3-28 02:30:47 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-3-27 21:24
这里我补充两个问题麻烦sob老师: (1)opls力场 ffnonbond中  【 atomtypes 】 下
name       bond_type  ...


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-28 14:42:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-28 02:29
文件结构太乱了。而且诸如都#include "oplsaa.ff/cresol.itp"了,却还把cresol.itp里的内容在里面又贴了一 ...

谢谢老师的指导,我刚才用acpype重新生成了甲酚的拓扑文件,但是res一列还是***,甲酚分子是我自己用DMOL3画的,请教一下老师这个问题该怎么解决
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发表于 Post on 2019-3-28 15:03:11 | 只看该作者 Only view this author

非常感谢您的回复!
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发表于 Post on 2019-3-28 16:56:49 | 只看该作者 Only view this author

老师 请问如果是这两个成对的的话,i和j 写成bond_type我这么写对吗?; name  bond_type    mass    charge   ptype          sigma      epsilon
opls_001   C   6      12.01100     0.500       A    3.75000e-01  4.39320e-01 ; SIG
opls_002   O   8      15.99940    -0.500       A    2.96000e-01  8.78640e-01 ; SIG

[ bondtypes ]
; i    j  func       b0          kb
c_6    o_8      1    0.09572   502080.0   ; For TIP4F Water - wlj 1/98
  OW    LP      1    0.01750   753120.0   ;          -idem-


老师 bond_types中 这个等号和加号有什么含义吗?
C=    C       1    0.14600   322168.0   ; wlj acrolein
  C=    C_2     1    0.14600   322168.0   ; wlj acrolein
  C=    C_3     1    0.14600   322168.0   ; wlj acrolein
  CT    C+      1    0.14600   445847.0   ; wlj- JACS 94, 4632 (1972)

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晓滨MD 发表于 2019-3-28 14:42
谢谢老师的指导,我刚才用acpype重新生成了甲酚的拓扑文件,但是res一列还是***,甲酚分子是我自己用DMOL ...

res名字自己随便填一个
DMOL3是计算程序,不是建模程序
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发表于 Post on 2019-3-28 23:12:16 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-3-28 16:56
老师 请问如果是这两个成对的的话,i和j 写成bond_type我这么写对吗?; name  bond_type    mass    char ...

如果没什么特殊必要的话,我建议别用OPLS-AA,麻烦
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sobereva 发表于 2019-3-28 23:12
如果没什么特殊必要的话,我建议别用OPLS-AA,麻烦

好哒老师!感谢!
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