MS中建模相关问题

小螃蟹

我现在使用VASP程序对N2首先进行了结构优化，在这个基础上进行了频率计算，结果显示有三个虚频。目前，猜想可能是N2为直线型分子的原因（不知道此想法对不对）。所以，现在有两个办法解决1.在MS中建模时引入虚原子来打破线性结构，再进行优化，
2.或者是在用VASP优化时在INCAR中设置指令来控制。
因为之前没有接触过引入虚原子，所以还请各位大神指点一二，如何在MS中引入虚原子。

sobereva

算N2的目的是啥？N2本来就是直线的，怎么能人为“打破”？

小螃蟹

sobereva 发表于 2019-4-4 06:16
算N2的目的是啥？N2本来就是直线的，怎么能人为“打破”？

嗯，我是参考一篇文献计算CeO2表面光催化N2O分解，想计算N2O分解前后体系能量差，并与文献中的数值比对，验证自己计算的准确性。因为文中提到N2O分解过程最终状态是：O与CeO2表面的Ce原子结合（CeO2-O），N2离去。我分别计算了N2和CeO2-O在一个真空盒子里的模型进行优化，另一种是CeO2-O和N2分别作为一个整体在盒子里进行优化（真空盒子大小保持一致），最后计算频率，发现只有N2存在虚频。
请问用VASP对线性分子和周期性结构（如：CeO2超晶胞）进行结构优化的INCAR参数设置是一样的吗？

卡开发发

小螃蟹 发表于 2019-4-4 08:44
嗯，我是参考一篇文献计算CeO2表面光催化N2O分解，想计算N2O分解前后体系能量差，并与文献中的数值比对， ...

1、我觉得你这个体系有三个引起虚频的可能性：
（1）盒子不足够大导致相邻的两个分子的作用。
（2）未取消对称性引起错误识别对称性。
（3）收敛标准或计算精度不足够高，声子计算对这些要敏感一些。
另外，对于计算孤立的N2没有必要与表面吸附情形使用同样大小的盒子。

2、你指的一样是哪些方面？比如对于优化晶格来说，计算孤立分子就不必要，所以具体问题具体分析。

小螃蟹

卡开发发 发表于 2019-4-4 09:13
1、我觉得你这个体系有三个引起虚频的可能性：
（1）盒子不足够大导致相邻的两个分子的作用。
（2）未 ...

好的，谢谢你的建议。我已经取消了对称性，现在改变精度和盒子大小试试。