求助模拟电解液中Li离子配位数不对的问题

h840473807 · 发表于 Post on 2019-4-4 15:48:17

我想模拟一个LiPF6的EC（碳酸乙烯酯）溶液。各分子（EC、Li+、PF6-）均用acpype获得拓扑，并计算在EC隐式溶剂下（使用EC的介电常数和乙酸乙酯的非极性部分）的RESP电荷，用GMX跑NPT的MD，发现Li离子的配位数不太对，大多是5配位，少数是4配位和6配位。而用高斯优化和molclus+xtb构象搜索得到稳定结构都是四配位的。并且MD的Li-O配位键键长在2A到2.1A之间。也大于xtb和高斯算的键长（1.9A左右）。我的Li离子的top用的是amber99sb-ildn.ff中的ions.itp，看到注释说该原子类型use only with spc.itp & settles。是否用在这不太合适？我应该怎样选择合适的Li离子的top才能使配位数（包括其它性质）和实际符合呢？

Frank · 发表于 Post on 2019-4-4 17:14:25

借楼请教一下，楼主是跑MD之前怎么设置电解质和溶剂分子的数目的？

h840473807 · 发表于 Post on 2019-4-4 17:33:07

Frank 发表于 2019-4-4 17:14
借楼请教一下，楼主是跑MD之前怎么设置电解质和溶剂分子的数目的？

http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html
照此博文，用packmol构建，我加了500个EC分子,53个LiPF6,盒子46 A^3

wbn · 发表于 Post on 2019-4-5 04:29:42

MD金属离子的点电荷模型不太符合实际情况，所以它和配体的nonbonded interaction 和实际不符是很常见的... 你最好查查文献看有没有更符合你体系的Li原子力场。实在没办法的话只能scale原子的charge或者调节LJ参数直到和quantum的结果对上。要不可以试试在Li原子或EC氧原子周围加几个mass和LJ参数为0的ghost原子模拟一下空SP3轨道或者孤电子对，就是不知道这样会不会被审稿人怼

Frank · 发表于 Post on 2019-4-5 06:57:05

h840473807 发表于 2019-4-4 17:33
http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html
照此博文，用packmol构建，我加了500个EC分子,53个LiPF6 ...

谢谢回复。

我现在也在尝试用packmol构建一个0.1M的电解质溶液体系，我按照文献中的方法用的是11.8A cubic的盒子里面放100个电解质分子加20K个溶剂分子，但是我在想构建完模型之后跑NPT的时候V就变了，电解质分子的数目不变，就不能维持0.1M的电解质浓度了，请问您有没有考虑过这个问题？

h840473807 · 发表于 Post on 2019-4-5 15:58:03

Frank 发表于 2019-4-5 06:57
谢谢回复。

我现在也在尝试用packmol构建一个0.1M的电解质溶液体系，我按照文献中的方法用的是11.8A c ...

确实之前没有考虑过这个体积摩尔浓度的问题，只是随便跑了一个类似的浓度。我感觉和模拟的实际体系的质量摩尔浓度保持一致就差不多吧。如果有什么好方法可以讨论

h840473807 · 发表于 Post on 2019-4-5 15:58:42

wbn 发表于 2019-4-5 04:29
MD金属离子的点电荷模型不太符合实际情况，所以它和配体的nonbonded interaction 和实际不符是很常见的... ...

谢谢，我先看看文献有什么适合这一体系的力场吧

Frank · 发表于 Post on 2019-4-5 17:11:50

h840473807 发表于 2019-4-5 15:58
确实之前没有考虑过这个体积摩尔浓度的问题，只是随便跑了一个类似的浓度。我感觉和模拟的实际体系的质量 ...

好的，谢谢。

h840473807 · 发表于 Post on 2019-4-21 11:50:04

看到一篇文献，电解液用的OPLS力场，我按照文章里Li原子的参数，将非键项改成sigma=1.46e-1 epsilon=7.94e-1（原来为sigma=2.03e-1 epsilon=7.66e-2），Li+就主要是四配位了的，就不知道这样做合适不合适

nianbin · 发表于 Post on 2021-6-23 23:06:18

h840473807 发表于 2019-4-21 11:50
看到一篇文献，电解液用的OPLS力场，我按照文章里Li原子的参数，将非键项改成sigma=1.46e-1 epsilon=7.94e- ...

这篇文献能发来看下么

h840473807 · 发表于 Post on 2021-6-24 08:45:11

nianbin 发表于 2021-6-23 23:06
这篇文献能发来看下么

Molecular Dynamics Simulation of Li+BF4- in Ethylene Carbonate, Propylene Carbonate, and Dimethyl Carbonate Solvents

nianbin · 发表于 Post on 2021-6-30 21:34:18

楼主还有个问题，你这个模拟就是直接GAFF力场，有没有做其他修改，我使用GAFF力场30ns MD之后，阴阳离子分不开，Li周围都是PF6，几乎没有PC和FEC，这是咋回事呢？能看下你的itp以及mdp么，非常感谢，可以加我qq863618483.

付之一生 · 发表于 Post on 2022-5-12 17:55:23

楼主有没有联系方式留一个，想请教一下molclus+xtb的问题

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助模拟电解液中Li离子配位数不对的问题

评分 Rate

浏览过的版块