请教Amber如何消除大分子的平动和转动

azero · 发表于 Post on 2019-4-4 17:13:59

蛋白偏长、比较大，打算设置长方体盒子，但怕翻转影响pbc
在手册上翻到一段话，可这个Flag似乎不能消除翻转。
求教如何消除大分子的平动转动。

PS：有人说gmx比Amber的重复性差，请问是真还是假？

nscm
Flag for the removal of translational and rotational center-of-mass (COM) motion at regular intervals
(default is 1000). For non-periodic simulations, after every NSCM steps, translational and rotational
motion will be removed. For periodic systems, just the translational center-of-mass motion will be
removed. This flag is ignored for belly simulations

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-4-4 19:20:55

把轨迹载入VMD中，用RMSD visualizer里面的Align功能就可以了

后面那句话不知道是什么意思，如果你手动指定随机数的话理论上每个模拟都可以重复

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-5 05:27:08

MD可重复性差是原理问题，不是程序问题，见
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

gmx也可以用双精度，用双精度时候可重现性更好，但依然还是抵不过MD可重现性差的本质
gmx里有一种可试图保证精确重现的做法，即grompp里加上-reprod

azero · 发表于 Post on 2019-4-5 08:23:19

fhh2626 发表于 2019-4-4 19:20
把轨迹载入VMD中，用RMSD visualizer里面的Align功能就可以了

后面那句话不知道是什么意思，如果你手动 ...

先谢谢。。。不过不是模拟完成后才消除平动翻转啦。长方体盒子水分子可以更少，但大分子翻转的话很可能与自己接触。

azero · 发表于 Post on 2019-4-5 08:28:06

sobereva 发表于 2019-4-5 05:27
MD可重复性差是原理问题，不是程序问题，见
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88 ...

谢谢sob老师的解答。
看来Amber大概只有高级模拟比较方便，
要不真没太大必要用Amber跑模拟，速度又慢

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-4-5 10:03:47

azero 发表于 2019-4-5 08:23
先谢谢。。。不过不是模拟完成后才消除平动翻转啦。长方体盒子水分子可以更少，但大分子翻转的话很可能与 ...

你说的那个叫施加约束，用plumed施加相应的约束不让蛋白质翻转

xpyp · 发表于 Post on 2019-4-7 23:34:36

azero 发表于 2019-4-5 08:23
先谢谢。。。不过不是模拟完成后才消除平动翻转啦。长方体盒子水分子可以更少，但大分子翻转的话很可能与 ...

顺便问下，在amber中用什么命令可分析蛋白和其镜像的距离呢？以确保蛋白翻转后不会超过长方体水盒子。

panger3 · 发表于 Post on 2021-7-13 17:13:31

xpyp 发表于 2019-4-7 23:34
顺便问下，在amber中用什么命令可分析蛋白和其镜像的距离呢？以确保蛋白翻转后不会超过长方体水盒子。

你好，我也出现这个问题了，请问您是如何解决的呢？

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