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[GROMACS] 求助,文献中设置刚性的四氢呋喃分子如何在gromacs文件中体现

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发表于 2019-4-12 11:11:37 | 显示全部楼层 |阅读模式
文献J. Chem. Phys. 144, 144702 (2016)中介绍四氢呋喃分子模型的时候写着:“we consider an approximated, planar, and rigid TraPPE model, in which non-bonded LJ intermolecular parameters and partial charges located at the different chemical groups are identical to those of the original TraPPE model. In addition to that, bending and torsional degrees of freedom are frozen, i.e., we consider that the equilibrium bond angles are fixed and the molecule has no torsional degrees of freedom. As an additional approximation, THF is considered in this case not only rigid but also planar.”

请问设置键长固定,在分子的itp文件中用[constraints]。那按照文献的说法,键角和二面角应该如何设置?

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发表于 2019-4-12 22:13:25 | 显示全部楼层
没法严格实现
实际当中THF不会偏离刚性多远,没必要非得弄成刚性
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 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-4-12 22:13
没法严格实现
实际当中THF不会偏离刚性多远,没必要非得弄成刚性

想要设置成刚性,主要是考虑到文献中提到刚性可以减少模拟过程中每一步的计算量。
如果不设置成刚性的话,是否直接对照TraPPE-UA力场的参数自己写THF.itp用于GMX就行了,放在哪个力场下合适呢?GROMOS54a7、OPLS-UA还是其他的更好。
谢谢sob老师!

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发表于 6 天前 | 显示全部楼层
zc_charles_li 发表于 2019-4-15 13:40
想要设置成刚性,主要是考虑到文献中提到刚性可以减少模拟过程中每一步的计算量。
如果不设置成刚性的话 ...

“减少计算量”完全可以忽略不计,本来绝大部分计算量就是用在非键部分计算上。



我没去特别留意那个力场,你得考虑和哪个力场的力场参数定义规则比较符合(包括LJ参数混合规则、1-4项处理规则等)

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 楼主| 发表于 6 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-4-16 00:05
“减少计算量”完全可以忽略不计,本来绝大部分计算量就是用在非键部分计算上。


好的,我再看一下力场的原文献的定义,谢谢sob老师
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