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[Amber] tleap运行结果警告The unperturbed charge of the unit (-0.060000) is not integral

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发表于 2019-4-12 16:39:46 | 显示全部楼层 |阅读模式
利用tleap生成水和尿素混合物体系的prmtop和inpcrd文件,tleap运行完毕后,出现以下警告:
/teLeap: Warning!
The unperturbed charge of the unit (-0.060000) is not integral.
Warning!
The unperturbed charge of the unit (-0.060000) is not zero.
生成的prmtop和inpcrd文件可以使用吗?

谢谢!


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发表于 2019-4-12 22:20:47 | 显示全部楼层
再检查检查尿素里原子电荷,看看是否加和非常接近于0,不是的话人为轻微调节一下。尽量让电荷更接近整数
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 楼主| 发表于 2019-4-13 19:02:52 | 显示全部楼层
本帖最后由 hzamber 于 2019-4-13 19:40 编辑
sobereva 发表于 2019-4-12 22:20
再检查检查尿素里原子电荷,看看是否加和非常接近于0,不是的话人为轻微调节一下。尽量让电荷更接近整数

尿素各原子电荷加和为0.001。

电荷计算法为antechamber生成mol2时选择AM1-BCC方法。

测试了一些烷烃、烯烃小分子,发现有些分子整体电荷为零,有些分子整体电荷为0.002。

问题一:对于中性分子,理论上是不是要求整体电荷为零用于MD模拟才合理?整体电荷多小可以接受?有没有标准?

问题二:原子电荷一般选择哪种方法比较好?

谢谢!

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发表于 2019-4-13 20:14:45 | 显示全部楼层
1 是。没有什么标准,不为0都是数值误差所致,误差应当尽量小,诸如小数点后四位
2 用于动力学模拟,RESP电荷是最理想选择,用Multiwfn可以非常容易地计算,见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
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 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-4-13 20:14
1 是。没有什么标准,不为0都是数值误差所致,误差应当尽量小,诸如小数点后四位
2 用于动力学模拟,RESP ...

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