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[Amber] 为什么计算小分子结合自由能的结果里GB数值是负的,PB数值是正的?

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发表于 2019-4-13 11:44:33 | 显示全部楼层 |阅读模式
我根据Amber自由能的教程里计算了个小分子结合蛋白的自由能计算。但是最终结果里面,GB计算出来的是负值,而PB计算的是正值。这就很尴尬了,请各位老师指点一下。
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发表于 2019-4-13 16:54:57 | 显示全部楼层
没有什么奇怪的,首先mmgbsa只是mmpbsa的一个近似,另外mmxbsa一般用来比较两个相似体系的相对值,绝对值和随机数差不多,没什么价值

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 楼主| 发表于 2019-4-14 00:14:32 | 显示全部楼层
fhh2626 发表于 2019-4-13 16:54
没有什么奇怪的,首先mmgbsa只是mmpbsa的一个近似,另外mmxbsa一般用来比较两个相似体系的相对值,绝对值和 ...

你好,我是第一次做自由能方面的内容,有些问题还是需要向您请教下。
1.就是如果我加上焓变部分,这个计算自由能的结果可否作为理论计算同实验值进行对比呢?
2.如果这个方法没有办法准确计算一个体系的自由能,那么我需要利用哪种方法和软件进行呢?TI?FEP?
导师说有实验值计算结果,需要理论值佐证。新人问题可能比较初级,万网不吝指教,十分感谢

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发表于 2019-4-14 01:29:26 | 显示全部楼层
panger3 发表于 2019-4-14 00:14
你好,我是第一次做自由能方面的内容,有些问题还是需要向您请教下。
1.就是如果我加上焓变部分,这个计 ...

1.一般来说不行,MM-XBSA的绝对值基本等同于随机数,现有方法算出来的熵(估计你想说的是熵?)就更不靠谱了,当然你运气好算出来绝对值和实验值一样审稿人也不能说什么
2.FEP或者TI都是理论非常严谨的方法,不过要算结合自由能的话需要一些技巧(相对来说比MM-XBSA复杂,如果你用NAMD的话有比较简单的工具)
另外Amber中还有一个attach-pull-release方法,理论也比较严谨
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial29/index.html

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 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
fhh2626 发表于 2019-4-14 01:29
1.一般来说不行,MM-XBSA的绝对值基本等同于随机数,现有方法算出来的熵(估计你想说的是熵?)就更不靠 ...

十分感谢!我先尝试下用NAMD算一算,看看能不能算出来。我也看到您发的帖子了,不知道有没有NAMD计算自由能的教程么?
谢谢您的回复!

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
panger3 发表于 2019-4-15 21:49
十分感谢!我先尝试下用NAMD算一算,看看能不能算出来。我也看到您发的帖子了,不知道有没有NAMD计算自由 ...

不知道你有没有用NAMD的经验,如果你只有用Amber的经验的话还是建议你用amber里面的APR方法,计算绝对结合自由能这个过程要从零开始的话还是比较复杂

如果你有经验的话就好多了

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 楼主| 发表于 3 天前 | 显示全部楼层
fhh2626 发表于 2019-4-18 15:51
不知道你有没有用NAMD的经验,如果你只有用Amber的经验的话还是建议你用amber里面的APR方法,计算绝对结 ...

谢谢您的建议,我自己仔细的学习下。
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