amber中在tleap界面下使用loadpdb命令如何不让其自动加氢

delbert · 发表于 Post on 2019-4-14 17:17:03

最近使用AMBER做小分子复合体的动力学实验，小分子是离子，在amber中在tleap界面下使用loadpdb命令加载蛋白复合体时如何不让其自动加氢？

ypx · 发表于 Post on 2025-3-9 20:02:57

你好，问一下这个问题有解决吗？

student0618 · 发表于 Post on 2025-3-9 20:25:04

Leap会按residue template补他找不到的原子的。
已经在特定位置加了氢的话，手动改残基名，例如HIS 改HID/HIE/HIP 对应适当质子化position，并确保atom name合乎力场中该原子名。

18217265596 · 发表于 Post on 2025-3-10 14:51:00

ypx 发表于 2025-3-9 20:02
你好，问一下这个问题有解决吗？

为什么这是一个问题？
不加氢怎么做模拟？

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[Amber] amber中在tleap界面下使用loadpdb命令如何不让其自动加氢