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[VMD] GRO文件在VMD中打开不成键问题

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请问一下大家就是我用Materials studio建好模型之后,导出为pdb模式,然后通过GROMACS的editconf转化为gro格式,结果就是中间的那一片铁酸钴不成键。试过了调整键的显示方式改为dynamicbonds并且调大distance cutoff,但是调大之后其它地方的原子也会相互形成键,请问有没有办法只让中间那部分成键,而其他的部分保持不动呢?谢谢大家

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发表于 Post on 2019-4-16 11:03:24 | 只看该作者 Only view this author
设置representation,只对特定区域的原子用dynamic bonds
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-16 12:19:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-16 11:03
设置representation,只对特定区域的原子用dynamic bonds

好的  谢谢sob老师 。那这个不成键的结构对后面跑md有影响吗

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发表于 Post on 2019-4-17 00:46:02 | 只看该作者 Only view this author
yyy1996 发表于 2019-4-16 12:19
好的  谢谢sob老师 。那这个不成键的结构对后面跑md有影响吗

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-17 15:42:01 | 只看该作者 Only view this author

好的   感谢sob老师的耐心解答

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发表于 Post on 2024-6-20 21:54:50 | 只看该作者 Only view this author
yyy1996 发表于 2019-4-17 15:42
好的   感谢sob老师的耐心解答

您好,请教一下,我在使用gromacs进行NaPF6-G2电解液分子动力学模拟的时候,优化后的PF6-产生的gro文件导入到VMD里发现没有键,这就导致我最后的模拟体系里的PF6-也没有键,即使再representation调了dynamcbonds还是没有键,请问老师这该怎么处理呀?

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发表于 Post on 2024-6-21 06:53:01 | 只看该作者 Only view this author
GXE 发表于 2024-6-20 21:54
您好,请教一下,我在使用gromacs进行NaPF6-G2电解液分子动力学模拟的时候,优化后的PF6-产生的gro文件导 ...

载入gro有没有显示键和拓扑信息里是否有键完全是两码事
仔细看此文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html
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发表于 Post on 2024-6-21 20:17:43 | 只看该作者 Only view this author
谢谢!

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