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[GROMACS] 请教: MD产生相可以用Berendsen压浴吗?P-R压浴参数tau_p取>=3的值可以接受吗

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发表于 2019-4-17 05:16:38 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 yihanxu 于 2019-4-16 15:23 编辑

老师好,大家好,我做NPT模拟一个边长3nm的立方纯溶剂盒子。先做了EM和平衡相模拟(步长1fs,共5ns,做的时间比较长,是因为之前报错说可能没达到平衡,我想这样应该能确保达到平衡了吧)。然后做产生相模拟,控压用的P-R, tau_p=2.5,但是盒子边长刚开始正常、后来变得特别大(几纳米增至上百纳米),然后又缩小、又变大一个来回,压力见下图左上角。于是我尝试tau_p=3,这样得到的盒子尺寸变化较小、看起来正常,得到压力如右下角的图所示。也尝试了Berendsen压浴,这样得到的盒子看起来也很正常,得到压力如左下角的图所示。请问可以为P-R压浴用tau_p=3甚至更大的值吗?产生相可以用Berensden压浴吗,记得sob老师说审稿人会可能会有意见,该怎么办呢?
pressure.png
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发表于 2019-4-17 13:00:32 | 显示全部楼层
产生相用Berensden压浴从实际来讲完全没问题,有些人对理论过于吹毛求疵了

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发表于 2019-4-17 15:11:06 | 显示全部楼层
理论上P-R能给出正确的ensemble,比直接放缩强。实际上结果多半没差别,讲真你把NPT换成NVT都不见得能看出显著差别来。但是人家都证明了P-R比放缩好,你还选Berendsen,那不就是往枪口上撞嘛……

不过Berendsen的一大缺点就是会掩盖问题。用P-R之后blow up是个挺危险的信号,建议别忽略掉。

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 楼主| 发表于 2019-4-18 02:04:49 | 显示全部楼层
k64_cc 发表于 2019-4-17 01:11
理论上P-R能给出正确的ensemble,比直接放缩强。实际上结果多半没差别,讲真你把NPT换成NVT都不见得能看出 ...

P-R之后blow up该怎样解决啊,求指导
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 楼主| 发表于 2019-4-18 02:34:40 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-4-16 23:00
产生相用Berensden压浴从实际来讲完全没问题,有些人对理论过于吹毛求疵了

老师好,为什么用Berendsen压浴盒子看起来正常但是用P-R压浴盒子尺寸变化和体系压力波动就很诡异呢?如果说体系达到平衡才好用P-R压浴,那么EM和EQ我都做了的,体系也不大,感觉应该达到平衡了呀?
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发表于 2019-4-18 10:18:15 | 显示全部楼层
本帖最后由 k64_cc 于 2019-4-18 10:20 编辑
yihanxu 发表于 2019-4-18 02:04
P-R之后blow up该怎样解决啊,求指导

可以试试Berendsen跑几ns之后转成P-R。更推荐的方法是手算一下合理的盒子大小,NVT跑几ns平衡之后再上barostat。
建议贴一下thermostat和barostat的参数。

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 楼主| 发表于 2019-4-19 05:19:47 | 显示全部楼层
k64_cc 发表于 2019-4-17 20:18
可以试试Berendsen跑几ns之后转成P-R。更推荐的方法是手算一下合理的盒子大小,NVT跑几ns平衡之后再上bar ...

Tcoupl  = V-rescale
tau_t   = 0.2
tc_grps = system
ref_t   = 298.15
;
Pcoupl     = parrinello-rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0 ;ps
ref_p = 1.01325
compressibility = 4.5e-5

若是Pcoupl     = Berendsen则用tau_p=0.5
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 楼主| 发表于 2019-4-24 15:02:26 | 显示全部楼层
本帖最后由 yihanxu 于 2019-4-24 01:04 编辑
k64_cc 发表于 2019-4-17 20:18
可以试试Berendsen跑几ns之后转成P-R。更推荐的方法是手算一下合理的盒子大小,NVT跑几ns平衡之后再上bar ...

您好,可以请问一下“NVT跑几ns平衡之后再上barostat”的原理或者道理是什么吗,为什么先NVT呢?谢谢。
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 楼主| 发表于 2019-4-24 15:07:19 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-4-16 23:00
产生相用Berensden压浴从实际来讲完全没问题,有些人对理论过于吹毛求疵了

老师请问P-R压浴用tau_p=3怎么样?可以通过1楼的最后一张图评价控压效果好或不好吗?
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发表于 2019-4-24 22:46:19 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-4-24 15:02
您好,可以请问一下“NVT跑几ns平衡之后再上barostat”的原理或者道理是什么吗,为什么先NVT呢?谢谢。

一开始就用控压,由于体系结构可能还处于严重非平衡状态,有出现异常(诸如盒子剧烈波动导致崩溃等问题)的风险
NVT阶段可以先让体系内部恰当弛豫,再打开控压出现异常情况的可能性就会下降

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k64_cc + 1 我很赞同
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发表于 2019-4-24 22:47:39 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-4-24 15:07
老师请问P-R压浴用tau_p=3怎么样?可以通过1楼的最后一张图评价控压效果好或不好吗?

一般设2.5ps左右就可以。
没有那么多讲究,你那图也看不出什么显著问题

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 楼主| 发表于 2019-5-8 06:12:48 | 显示全部楼层
本帖最后由 yihanxu 于 2019-5-7 19:51 编辑

老师好@sobereva ,如果我要对比一组MD计算结果,那么这一组MD计算要用相同的tau_p才行吗?换句话说,如果没有保持tau_p一致,有的计算用tau_p=3,有的用tau_p=2,那么这些数据还可以拿来对比吗?
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发表于 2019-5-9 09:02:19 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-5-8 06:12
老师好@sobereva ,如果我要对比一组MD计算结果,那么这一组MD计算要用相同的tau_p才行吗?换句话说,如果 ...

可以。这对结果影响很小

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 楼主| 发表于 2019-5-9 10:02:58 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-5-8 19:02
可以。这对结果影响很小

谢谢老师。您的意思是在能算的情况下,tau_p的值对计算结果影响很小吗?可以请教一下为什么这对结果影响很小吗,怎么理解?
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发表于 2019-5-10 10:25:54 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-5-9 10:02
谢谢老师。您的意思是在能算的情况下,tau_p的值对计算结果影响很小吗?可以请教一下为什么这对结果影响 ...

很小,而且有随意性
这只不过是控制压浴的强度而已,参数差个一星半点,也就是微观波动程度会有所不同,从最终统计结果上看看不出多大差异

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