主客体复合物RESP电荷计算的问题（用于分子模拟）

nachtmusik · 发表于 Post on 2019-4-17 14:41:38

在计算主客体复合物的结合自由能时，之前我一贯是这么处理的，将主体与客体分开，分别计算RESP电荷，模拟时再放到一起模拟。

这么考量是看了sob大之前在http://sobereva.com/441提到的
“拟合静电势方法有个很大局限性就是对深度包埋的原子注定没法得到能真实反映其带电状态的原子电荷，因为这些原子离大部分或者所有拟合点都太远，它们的原子电荷对拟合点处静电势重现性影响甚微，因此拟合静电势方法也不可能算准它们的实际电荷”

但也担心这么处理不能合理反映出络合物的真实情况。实际主客体结合时，两者间相互作用应该会引起电荷分布改变。

所以我想，如果计算单点时把主客体络合物一起计算，再分别拟合RESP电荷，指派到对应分子上模拟，结果会如何？我近期打算测试一下

原子电荷的准确计算对自由能计算有极大的影响，所以想着这个问题还是得推敲一下。

模拟使用的力场为GAFF力场

k64_cc · 发表于 Post on 2019-4-17 14:59:32

fix charge model本来就不管相互作用导致电荷分布的改变。RESP charge拟合的是小分子在溶剂里的电荷分布，如果强行考虑相互作用，那分开来的动力学很可能就不准了。要是想精确考虑相互作用对电荷的改变，最好用可极化力场或者semi empirical，其中可极化力场可能还要fine tune，特别麻烦……

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-4-17 15:02:25

我想请问你的力场调用是如何实现的？

nachtmusik · 发表于 Post on 2019-4-17 15:29:11

k64_cc 发表于 2019-4-17 14:59
fix charge model本来就不管相互作用导致电荷分布的改变。RESP charge拟合的是小分子在溶剂里的电荷分布， ...

感谢回复，我猜也是这样。

之前看过用AMOEBA可极化力场研究主客体的文章，耗时高了一个数量级，精度也不怎么高

nachtmusik · 发表于 Post on 2019-4-17 15:29:30

少年爱吃地三鲜发表于 2019-4-17 15:02
我想请问你的力场调用是如何实现的？

你指的是Gromacs调用GAFF力场吗？

k64_cc · 发表于 Post on 2019-4-17 16:14:36

nachtmusik 发表于 2019-4-17 15:29
感谢回复，我猜也是这样。

之前看过用AMOEBA可极化力场研究主客体的文章，耗时高了一个数量级，精度也 ...

AMOEBA啊……Ren Pengyu的poltype四年前就不更新了，小分子参数质量堪忧。我一直觉得每一个用AMOEBA的人都应该非常仔细的重新fine tune力场，同时考虑几十上百个构象那种。不过目前为止好像还没人这么干过……

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-17 17:32:12

倘若你真要考虑对方存在时的电荷，你只能在加了背景电荷以描述环境原子的时候产生波函数，然后算RESP电荷

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-4-17 18:47:52

nachtmusik 发表于 2019-4-17 15:29
你指的是Gromacs调用GAFF力场吗？

对的，请问你是在网站生成itp？

nachtmusik · 发表于 Post on 2019-4-17 19:10:07

sobereva 发表于 2019-4-17 17:32
倘若你真要考虑对方存在时的电荷，你只能在加了背景电荷以描述环境原子的时候产生波函数，然后算RESP电荷

感谢社长回复，加入背景电荷也许又会因为建模不合理引入新的不确定性了，这样看来还是直接分开计算为妙

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[GROMACS] 主客体复合物RESP电荷计算的问题（用于分子模拟）

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