用amber或者namd模拟MOF/COF的力场选择问题。

wgbigfatcat · 发表于 Post on 2019-4-17 15:47:33

用amber模拟MOF或者COF应该用什么力场呢？amber理论上应该可以使用gaff力场。但是我尝试了一下，当原子个数比较多的情况下，或者含有不常见原子（比如硼）的情况下，都会报错。charmm力场系列的，好像还没有可用的力场。

ruanyang · 发表于 Post on 2019-4-17 19:15:07

https://github.com/ruanyangry/lammps_interface

可以试试这个，比较适合lammps。

agent99 · 发表于 Post on 2019-4-18 03:45:41

没做过这个但是比较感兴趣--COF还好，MOF里面的金属配位键用力场能描述好吗？

wgbigfatcat · 发表于 Post on 2019-4-18 09:53:07

ruanyang 发表于 2019-4-17 19:15
https://github.com/ruanyangry/lammps_interface

可以试试这个，比较适合lammps。

这个是一个比较好的UFF力场在lammps上的应用。但是lammps要做QMMM的话，只能和QE结合，这点限制了它的使用范围。

wgbigfatcat · 发表于 Post on 2019-4-18 09:54:13

agent99 发表于 2019-4-18 03:45
没做过这个但是比较感兴趣--COF还好，MOF里面的金属配位键用力场能描述好吗？

MOF中的力场，现在倾向于用量化的结果来拟合力场，比如MOF-FF。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 用amber或者namd模拟MOF/COF的力场选择问题。