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[Gaussian/gview] 请问高斯周期性计算定义的盒子大小来避免相互间的影响范围是多少?

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发表于 Post on 2019-4-20 22:01:36 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
老师您好,如果用高斯做周期性体系计算(尽管高斯计算周期性体系能力较弱,但是对于我研究体系能够满足),那么定义那个盒子的尺寸使其避免周围的影响,那这个盒子大小的临界值是多少呢?换句话说好比是这个晶胞,我要将这个定义多大,就能将其视为一个孤立体系来计算,使其不受其他晶胞的影响,消除边界效应的影响。谢谢老师

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发表于 Post on 2019-4-20 23:41:32 | 显示全部楼层 Show all
最好能把体系特征描述充分
这跟盒子里体系特征有关系。比如之前有PBC算单分子的测试文章,盒子里是个无极性分子,那么真空区不需要很大就可以令误差充分小,而如果是极性分子,达到相同的误差就需要更大的盒子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-21 09:17:06 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2019-4-20 23:41
最好能把体系特征描述充分
这跟盒子里体系特征有关系。比如之前有PBC算单分子的测试文章,盒子里是个无极 ...

老师那这个盒子的大小有没有一个什么临界值,比如说当盒子的X,Y,Z方向都设为20埃,会不会就不受其他的影响了。

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发表于 Post on 2019-4-22 01:03:44 | 显示全部楼层 Show all
cqu_xiaoq 发表于 2019-4-21 09:17
老师那这个盒子的大小有没有一个什么临界值,比如说当盒子的X,Y,Z方向都设为20埃,会不会就不受其他的影 ...

20埃绝对够大了
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发表于 Post on 2019-4-22 11:49:44 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 beefly 于 2019-4-22 11:50 编辑

设置真空层计算低维体系是因为用了平面波基组造成的。Gaussian、Crystal、ADF-Band等AO基组程序一般不需要设置真空层,因为非周期方向本来就是空的(除非把低维体系当3D周期体系处理)。但是有的AO基组程序在算法上仅支持3D周期体系(siesta可能是这样),这种情况下低维体系还是要设置真空层。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-22 14:58:48 | 显示全部楼层 Show all
beefly 发表于 2019-4-22 11:49
设置真空层计算低维体系是因为用了平面波基组造成的。Gaussian、Crystal、ADF-Band等AO基组程序一般不需要 ...

感谢回复,好像gaussian不能设置真空层,综合各位老师的回复,我基本理解了,设定20埃便不会受到边界效应的影响了。

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发表于 Post on 2019-4-23 01:48:38 | 显示全部楼层 Show all
cqu_xiaoq 发表于 2019-4-22 14:58
感谢回复,好像gaussian不能设置真空层,综合各位老师的回复,我基本理解了,设定20埃便不会受到边界效应 ...

Gaussian做PBC计算依然有真空层的概念,但是一般没有任何必要设而已,不像那些基于平面波的程序是不得不设
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sobereva 发表于 2019-4-23 01:48
Gaussian做PBC计算依然有真空层的概念,但是一般没有任何必要设而已,不像那些基于平面波的程序是不得不 ...

好的,感谢老师给予纠正。

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发表于 Post on 2022-1-14 23:21:57 | 显示全部楼层 Show all

Sob老师,请问用CP2K软件计算单个甲醇分子,使用周期性体系方法,cubic cell length取20 Angstrom足够了吗?

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发表于 Post on 2022-1-15 06:51:28 | 显示全部楼层 Show all
洁然不同 发表于 2022-1-14 23:21
Sob老师,请问用CP2K软件计算单个甲醇分子,使用周期性体系方法,cubic cell length取20 Angstrom足够了 ...

够。而且如果你不要求CP2K考虑周期性的话,盒子也没必要用这么大,用小点的盒子可以大为节约耗时
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发表于 Post on 2022-1-16 03:02:33 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-1-15 06:51
够。而且如果你不要求CP2K考虑周期性的话,盒子也没必要用这么大,用小点的盒子可以大为节约耗时

Sob老师,我试过小的盒子,能量有差别正常吗?如果不设置周期性计算,结果还是一样的吗?

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发表于 Post on 2022-1-16 05:36:16 | 显示全部楼层 Show all
洁然不同 发表于 2022-1-16 03:02
Sob老师,我试过小的盒子,能量有差别正常吗?如果不设置周期性计算,结果还是一样的吗?

结果一定会受到盒子尺寸影响,只不过是程度以及是否能接受的问题
你算的本来就是一个孤立分子,当然不应当考虑周期性
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发表于 Post on 2022-1-16 14:36:58 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-1-16 05:36
结果一定会受到盒子尺寸影响,只不过是程度以及是否能接受的问题
你算的本来就是一个孤立分子,当然不应 ...

谢谢老师!明白了

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