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[GROMACS] 求助 gromacs模拟完产生RDF和体系密度的问题

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跑完模拟之后有两个问题请教一下各位老师:
1.跑完模拟之后根据sob老师用索引文件做出了两个原子的rdf,但是再怎么处理能做成文献里的样子?比如做出两个原子1-2ns的rdf,我用的是xmgrace
2.我想通过体系的密度验证力场,怎么样产生体系的密度?


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发表于 Post on 2019-4-24 03:12:31 | 只看该作者 Only view this author
1 修改横坐标范围就行了,当前范围太大。
你的图看起来会比文献中的波动大,这是由于采样不够充分。对更长的轨迹进行统计可以使得曲线更平滑,你也可以在xmgrace里用running avereage处理来更平滑

2 gmx energy直接从edr文件里提取密度
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发表于 Post on 2019-4-24 10:52:04 | 只看该作者 Only view this author
楼主解决了MA ?
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发表于 Post on 2019-4-24 11:24:25 | 只看该作者 Only view this author
刚好也想问一下关于RDF的问题,GMX里rdf中 -xy选项好像特别耗时,算几百帧算了六天都没结果...是我用的GMX版本有问题么(4.0.5版)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-24 14:54:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-24 03:12
1 修改横坐标范围就行了,当前范围太大。
你的图看起来会比文献中的波动大,这是由于采样不够充分。对更长 ...

好的,谢谢老师
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-24 14:55:09 | 只看该作者 Only view this author

正在解决
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发表于 Post on 2019-4-24 19:52:39 | 只看该作者 Only view this author

加油!
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发表于 Post on 2019-4-24 22:44:22 | 只看该作者 Only view this author
Lacrimosa 发表于 2019-4-24 11:24
刚好也想问一下关于RDF的问题,GMX里rdf中 -xy选项好像特别耗时,算几百帧算了六天都没结果...是我用的GMX ...

你这版本也太老了
随着版本更新,一些自带的工具的问题也会修正、提升速度
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发表于 Post on 2023-3-23 10:59:43 | 只看该作者 Only view this author
楼主解决了吗?

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