求助，如何构建HNO3和HNO2的GROMOS54a7力场文件（itp文件）

Andong

各位老师好，我最近需要算HNO3以及HNO2穿透细胞膜的转移自由能，但是没有其相应的itp文件，我也浏览过论坛里的一些帖子，有以下一些疑问希望有专业人士解答：

1. 小分子的itp文件可以通过一些自动生成itp文件的网站生成（事实上ATB数据库中已经存在HNO3和HNO2的拓扑文件），但是实验室的老师认为网站上生成的itp文件不知道是否正确，其实我也注意到有些文章是用ATB生成的拓扑文件来模拟的，但是我也无法说服老师来用ATB的参数来模拟（老师要求很严苛）。那么是否有方法来判断ATB生成的拓扑文件是合适的还是不合适的呢？（最好能提供给我一些参考文献或书籍来参考下）

2. 如果要自己构建HNO3和HNO2的拓扑文件（或者在ATB生成的文件上修改），应该怎样去构建呢？应该去找参考文献上的哪些参数？（最好有一些参考文献或者书籍让我去学习学习）？

我因为半路出家，接触分子动力学才半年时间，实验室之前也是使用别人构建的力场文件，所以对于力场文件的细节知道的比较少。我觉得力场文件的构建是分子动力学的核心（没有力场文件就无法做模拟），相信有很多的新手也会遇到和我一样的问题，如果有前辈能够指点一二，那就太感谢了

sobereva

1 你就把那些用ATB上的参数成功模拟并且发表的文章例子给他看就完了，碰见有审稿人发难也同样处理。他要不信，你让他给你想办法搞一个

2 看ATB网站上小分子的itp例子，照着gromacs手册，弄清楚各个字段的含义和格式，自然就懂了

agent99

HNO3这种强酸会以分子形式存在么？按NO3-离子来处理是否更合适

Andong

感谢两位老师的回复

1、之前跟他提过几遍，他是不信的，除非有什么证据能证明ATB上的参数是对的（算一些物理性质啥的跟实验结果进行对比）

2、我再仔细看看手册，尝试自己构建力场试试

3、HNO3是分子形式还是NO3-离子形式对我来说都没有区别，重要的是要获得可靠的力场文件进行模拟

我之前看过Sobereva老师的很多博文，对我帮助很大，如果未来有一天能出个力场文件构建菜鸟教程，感觉会对新手有很大的助益。如果我构建力场参数成功，我也将在此贴分享我的经验

sobereva

验证小分子力场参数常用的做法是将模拟的溶解自由能跟实验对比
ATB上很多小分子都给了TI/FEP模拟的溶解自由能

agent99

Andong 发表于 2019-4-29 03:01
感谢两位老师的回复

1、之前跟他提过几遍，他是不信的，除非有什么证据能证明ATB上的参数是对的（算一些 ...

HNO3和NO3-区别还是很大的，比如Amber里面直接就有拟合好的NO3-力场文件，但没有HNO3的。自己拟合的话NO3-也要简单很多，就两种原子类型。。。

Andong

1、那我想办法去对比下溶解自由能

2、那我就从比较简单的NO3-开始上手吧，竟然Amber里有的话，我可以尝试着把它转化为GROMOS力场吧

感谢两位老师的回复，对我非常有帮助

模拟小菜鸟

Andong 发表于 2019-4-30 17:43
1、那我想办法去对比下溶解自由能

2、那我就从比较简单的NO3-开始上手吧，竟然Amber里有的话，我可以尝 ...

楼主您好，请问您是怎么模拟溶解自由能的呢？我也是刚接触gromacs，好多都不太懂

Andong

模拟小菜鸟 发表于 2019-5-13 15:13
楼主您好，请问您是怎么模拟溶解自由能的呢？我也是刚接触gromacs，好多都不太懂

GROMAC Tutorial 上有教程，http://www.mdtutorials.com/gmx/free_energy/index.html