计算IRC和优化反应物/产物结构问题求助

jing-quan63 · 发表于 Post on 2019-4-27 17:57:56

请教一下大家：
如果我事先分别优化好反应物结构，再以此构建过渡态初猜，那在计算反应物或者产物能量时，如下问题：
1 是否必须用IRC两端优化的结构？或者说IRC是否必要？
2 如果不是，那反应物还能理解，毕竟就是优化的结构做初猜，但是产物也能自己画结构再优化？如何保证产物结构与当前过渡态相对应？
3 若1成立，那IRC两端都是复合物，难道要逐个分离出来优化吗？不是说能量需要单个计算么？
谢谢大家！

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2019-4-27 19:10:00

1 我觉得有必要做一个IRC的验证

3 不是很明白你指的分离，ABCD的能量分开算？然后A+B作为反应物，C+D作为产物？如果你是这样理解的话那不需要

反应：A+B -> Complex A+B -> C+D
如果A和B有相互作用（要反应我不知道这么还能没有作用），那么单个A的能量加上单个B的能量理应不等于A+B体系的重能量（少相互作用的能量）。所以如果你单独算了A和B的能量，我理解一下似乎应该表示的是两个反应物很远的时候，然后逐渐靠近产生相互作用，再反应变成产物然后逐渐拉远。
反应：A,B -> A+B -> Complex A+B -> C+D -> C,D
但其实我们关心的应该就是中间的这三个状态，所以。。。。我觉得可能对于3不需要吧。。。。

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-28 04:22:16

1 有条件尽量走IRC。除非你从虚频和过渡态结构上有充分信心判定过渡态找对了
3 要找与过渡态直接相连的复合物，应当对IRC两端结构进行优化。每个反应物/产物单独计算那是对计算整个反应的反应能、计算自由能垒获得双分子反应速率常数等情况而言的。

jing-quan63 · 发表于 Post on 2019-4-28 09:53:58

DoubeeTwT 发表于 2019-4-27 19:10
1 我觉得有必要做一个IRC的验证

3 不是很明白你指的分离，ABCD的能量分开算？然后A+B作为反应物，C+D作 ...

好的，谢谢您。那么请问文章里的势能面是用E(A)+E(B)计算的？还是把A,B作为一个体系来计算？

jing-quan63 · 发表于 Post on 2019-4-28 09:54:35

sobereva 发表于 2019-4-28 04:22
1 有条件尽量走IRC。除非你从虚频和过渡态结构上有充分信心判定过渡态找对了
3 要找与过渡态直接相连的复 ...

谢谢sober老师

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2019-4-28 10:25:42

jing-quan63 发表于 2019-4-28 09:53
好的，谢谢您。那么请问文章里的势能面是用E(A)+E(B)计算的？还是把A,B作为一个体系来计算？

E(A+B)

jing-quan63 · 发表于 Post on 2019-4-28 19:58:48

DoubeeTwT 发表于 2019-4-28 10:25
E(A+B)

那为何sober老师的意思是单独计算呢？感觉都被搞糊涂了

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-29 04:33:31

“势能面是用E(A)+E(B)计算的”这种表述明显含糊不清
如果你是指反应路径的能量折线图作图时候用的能量零点，用E(A)+E(B)还是E(A+B)都可以，如果是算具体问题（反应能、k等等），我前面已经回复过了

jing-quan63 · 发表于 Post on 2019-4-29 08:55:40

sobereva 发表于 2019-4-29 04:33
“势能面是用E(A)+E(B)计算的”这种表述明显含糊不清
如果你是指反应路径的能量折线图作图时候用的能量零 ...

非常感谢sober老师，耐心指教，麻烦您了

jaywang7 · 发表于 Post on 2023-9-23 14:04:59

sobereva 发表于 2019-4-28 04:22
1 有条件尽量走IRC。除非你从虚频和过渡态结构上有充分信心判定过渡态找对了
3 要找与过渡态直接相连的复 ...

sob老师想问一下跑完IRC可以不对曲线最高点（过渡态）进行优化，只对两端的反应物和产物结构进行优化嘛？因为我对曲线最高点过渡态结构也优化后发现，过渡态能量和反应物能量近似。

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-24 03:43:23

jaywang7 发表于 2023-9-23 14:04
sob老师想问一下跑完IRC可以不对曲线最高点（过渡态）进行优化，只对两端的反应物和产物结构进行优化嘛 ...

本来就是先优化TS才基于它的结构跑的IRC，怎么可能IRC跑完了再优化TS，基本逻辑就是错的

jaywang7 · 发表于 Post on 2023-9-24 23:14:41

sobereva 发表于 2023-9-24 03:43
本来就是先优化TS才基于它的结构跑的IRC，怎么可能IRC跑完了再优化TS，基本逻辑就是错的

好的sob老师，还想问下画势能图的话是用irc曲线两端反应物和产物结构优化后的能量来画嘛？

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-25 01:47:59

jaywang7 发表于 2023-9-24 23:14
好的sob老师，还想问下画势能图的话是用irc曲线两端反应物和产物结构优化后的能量来画嘛？

如果你指下文这种图，是
在Origin中绘制能量折线图的方法（含视频演示）
http://sobereva.com/320（http://bbs.keinsci.com/thread-2676-1-1.html）

jaywang7 · 发表于 Post on 2023-9-25 09:38:52

sobereva 发表于 2023-9-25 01:47
如果你指下文这种图，是
在Origin中绘制能量折线图的方法（含视频演示）
http://sobereva.com/320（htt ...

是这种谢谢sob老师

zmq1999 · 发表于 Post on 2023-11-7 17:35:03

sobereva 发表于 2019-4-28 04:22
1 有条件尽量走IRC。除非你从虚频和过渡态结构上有充分信心判定过渡态找对了
3 要找与过渡态直接相连的复 ...

有几个问题想请教一下sob老师：
1.跑完IRC以后对两端进行优化，但是其中一端的结构也就是这个反应的入口处优化以后结构变了很多，具体表现为HOCO+和H2的相对位置改变很大，这个说明什么问题，是OPT没跑对还是什么原因呢？
2.还是在HOCO+和H2反应的IRC一端的入口处进行优化，但是特别容易有虚频或者不收敛，即使加到verytight和superfine有的case还是有虚频，有的case虚频消了但是又收敛不了或者没有4个YES，这个是因为相互作用太弱吗?出于发文章的目的，一定要做到4个YES么

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[新手求助] 计算IRC和优化反应物/产物结构问题求助