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[硬件] vasp计算40核比28核慢了一大截

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发表于 2019-4-29 09:37:15 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 灰飞的旋律 于 2019-4-29 09:51 编辑

请问下我做VASP计算,HSE泛函算DOS,可是我的双路E5 2673V4(2.3HGz 共40物理核,4根2400MHZ  32G内存条)比双路 E5 2680v4(2.4GHz 共28物理核,8根2400MHZ 8G内存条)计算速度反而慢了一大截呢,迭代一次耗时,也就是LOOP,前者21333秒,后者16545秒,那么实际耗时前者5.9小时,后者4.6小时,40核INCAR里NCORE=5, 28核设置的4.,没有开超线程
请问比较有可能会是哪些原因呢

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发表于 2019-4-29 13:17:10 | 显示全部楼层
很大的可能性是内存条没有插满,把内存条插满了试试?

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发表于 2019-4-29 14:07:14 | 显示全部楼层
哈哈哈哈哈哈

又一个不会看配置被(政采)奸商坑了的
VASP据说吃内存带宽,再插4根2400MHZ  32G内存条

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 楼主| 发表于 2019-4-29 14:19:45 | 显示全部楼层
本帖最后由 灰飞的旋律 于 2019-4-29 15:26 编辑
啦啦黑还黑 发表于 2019-4-29 13:17
很大的可能性是内存条没有插满,把内存条插满了试试?

意思是我现在是四通道,再来四根组成八通道??是这意思吗这是现在的内存安装顺序,主板一共8个插槽
QQ图片20190429150542.png
微信图片_20190429152258.png

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 楼主| 发表于 2019-4-29 14:21:23 | 显示全部楼层
一颗赛艇 发表于 2019-4-29 14:07
哈哈哈哈哈哈

又一个不会看配置被(政采)奸商坑了的

自己选的配置价格还好,没有被坑,确定再来四根可以增加计算速度吧??那我就和老师商量下,再增加

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 楼主| 发表于 2019-4-29 14:51:02 | 显示全部楼层
灰飞的旋律 发表于 2019-4-29 14:21
自己选的配置价格还好,没有被坑,确定再来四根可以增加计算速度吧??那我就和老师商量下,再增加

有没有可能是我用的核数太多了,计算产生数据过多,内存带宽跟不上了,如果减少核数反而会提升计算速度

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发表于 2019-4-29 16:52:55 | 显示全部楼层
灰飞的旋律 发表于 2019-4-29 14:21
自己选的配置价格还好,没有被坑,确定再来四根可以增加计算速度吧??那我就和老师商量下,再增加

你不是有8根8G的吗?先拆来试试,看看是不是内存的问题,再买不迟

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发表于 2019-4-29 17:29:23 | 显示全部楼层
是不是核数的问题,自己做个测试就知道了

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发表于 2019-4-29 18:07:59 | 显示全部楼层
2673V4真这么弱吗?从参数上看不应该啊,四根内存条是有问题,期待真相

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发表于 2019-4-29 20:51:59 | 显示全部楼层
NPAR NCORE之类的参数试下

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 楼主| 发表于 2019-4-30 08:49:51 | 显示全部楼层
啦啦黑还黑 发表于 2019-4-29 16:52
你不是有8根8G的吗?先拆来试试,看看是不是内存的问题,再买不迟

在机柜里面,不好拆啊,刚买的刚安进去,不知道拆了给不给保修了还

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 楼主| 发表于 2019-4-30 08:50:18 | 显示全部楼层
niobium 发表于 2019-4-29 17:29
是不是核数的问题,自己做个测试就知道了

嗯,还真和核数有关系

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 楼主| 发表于 2019-4-30 08:52:33 | 显示全部楼层
本帖最后由 灰飞的旋律 于 2019-4-30 08:57 编辑
hakuna 发表于 2019-4-29 18:07
2673V4真这么弱吗?从参数上看不应该啊,四根内存条是有问题,期待真相

如图,很有可能是内存带宽跟不上,node24是2680V4,node26是2673V4,HSE计算DOS,迭代一次LOOP随着核数减少而减少,核数减少速度反而快了,后者20核计算速度已经接近前者28核。这是不是说我确实需要加内存条了??还有人说是并行计算调度的问题,不甚明了怎么理解???
QQ图片20190430084757.png

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 楼主| 发表于 2019-4-30 08:55:28 | 显示全部楼层
本帖最后由 灰飞的旋律 于 2019-5-9 16:38 编辑
archer 发表于 2019-4-29 20:51
NPAR NCORE之类的参数试下

嗯嗯,测试过了,40核下测试的,node24是2680V4,node26是2673V4,NCORE=4和5时,HSE计算DOS,迭代一次LOOP分别为23645和21000多一点,但40核下并行计算设置也只能到5了,估计设成8计算速度又会降低


PS:后续测试发现,NCORE可以增加到10,计算速度相对于8时,提升已经不是特别明显了,一个电子步才加速了10分钟
QQ图片20190430084757.png

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发表于 2019-5-8 10:15:22 | 显示全部楼层
灰飞的旋律 发表于 2019-4-30 08:52
如图,很有可能是内存带宽跟不上,node24是2680V4,node26是2673V4,HSE计算DOS,迭代一次LOOP随着核数减 ...

关注2673v4一段时间了,一直觉得应该不错,尤其喜欢它的50MB的cache,刚搜了一下intel官网,竟然没找到这款产品,很奇怪。2680v4倒是有,参数和非官方网上介绍一致。
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