求助：GROMACS计算空间分布函数时怎么同时计算两种溶剂分子

LINQIXUAN · 发表于 Post on 2019-5-6 22:03:29

体系是：果糖分子在水和DMSO的混合溶液中，计算果糖分子周围水的氧原子和DMSO的氧原子的空间分布函数，以不同的颜色画在一个图上，如下图。我只知道计算单独的果糖与水，或者果糖与dmso，两者怎么一起计算啊？

wbn · 发表于 Post on 2019-5-7 01:15:01

我不知道你是咋计算的，但图中的这个可以分别计算两种分子，保持reference分子朝向相同，然后将.cube文件先后load进VMD里面。

LINQIXUAN · 发表于 Post on 2019-5-7 10:59:06

wbn 发表于 2019-5-7 01:15
我不知道你是咋计算的，但图中的这个可以分别计算两种分子，保持reference分子朝向相同，然后将.cube文件先 ...

好的，我试一下，非常感谢！

你微笑时好Mg · 发表于 Post on 2019-5-13 15:38:50

你好，你看的这篇文献叫什么，能否发个标题，我也在做溶剂相关类，想了解一下

LINQIXUAN · 发表于 Post on 2019-5-27 20:31:32

你微笑时好Mg 发表于 2019-5-13 15:38
你好，你看的这篇文献叫什么，能否发个标题，我也在做溶剂相关类，想了解一下

Understanding solvent effects in the selective conversion of fructose to 5-hydroxymethyl-furfural: a molecular dynamics investigation

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