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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn资源与经验] 巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法

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发表于 Post on 2021-4-9 08:48:09 | 只看该作者 Only view this author
社长您好,我在尝试用该方法计算离子态有机物,得出的结果似乎丢失了电荷信息。按步骤生成xyz文件,fch文件似乎均按照charge 0, spin 2再进行下一步。请问是哪里出了问题?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-12 09:06:26 | 只看该作者 Only view this author
beidiwu 发表于 2021-4-9 08:48
社长您好,我在尝试用该方法计算离子态有机物,得出的结果似乎丢失了电荷信息。按步骤生成xyz文件,fch文件 ...

看不懂你的意思
确保xtb计算时候明确设定了实际的电荷和自旋多重度,并且确保之后Multiwfn载入xtb产生的molden.input文件后屏幕上正确提示了此体系的电荷和自旋多重度
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-4-24 09:46:49 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好!请问一下按这种方法(主功能5)计算出来的静电势和主功能12计算出来的表面静电势的异同点在哪里。PS:我现在想从静电势分析两个物质结合的难易程度

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-24 11:52:43 | 只看该作者 Only view this author
JZS12345 发表于 2021-4-24 09:46
sob老师,您好!请问一下按这种方法(主功能5)计算出来的静电势和主功能12计算出来的表面静电势的异同点在 ...

主功能5本身是计算静电势格点数据的,即计算一个矩形区域内均匀分布的各个点的静电势。而主功能12才是计算分子表面上各个点的静电势。目的和用处完全不同。
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发表于 Post on 2021-4-24 20:03:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-24 11:52
主功能5本身是计算静电势格点数据的,即计算一个矩形区域内均匀分布的各个点的静电势。而主功能12才是计 ...

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-4-11 10:20:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-27 17:55

如果愣算的话,可能需要给很大内存cubegen才能工作
如果你非要算的话,建议先用比如1700原子左右的 ...

sob老师好,最近想用chg文件结合功能5计算分子表面各个静电势区域的面积分布,但是体系较大,2000多原子,出现如下错误,请问有什么好的建议么,多谢。
Spatial range of grid data:
X is from   50.1911  to  125.0999 Bohr
Y is from   39.0417  to  148.3246 Bohr
Z is from    4.2330  to   96.7351 Bohr
The number of point in x,y,z:   301   438   371  Total:  48911898

Calculating grid data of electron density...
Note: Promolecular approximation is used
Note: All exponential functions exp(x) with x< -40.000 will be ignored
Progress: [##################################################]  100.00 %     /
Calculation of grid data took up wall clock time        37 s

The number of boundary cubes:            926527
The number of corners of boundary cubes:   1849560
Generating isosurface by Marching Tetrahedra algorithm, please wait...
The number of surface vertices (V):    2745878
The number of surface edges (E):       8237514
The number of triangular facets (F):   5491676
V+F-E-2=        38
Warning: V+F-E-2=0 is violated! Probably grid spacing is too large or the isosurface is not closed
Volume enclosed by the isosurface:170683.80325 Bohr^3  (********** Angstrom^3)
Among all surface vertices:
Min-X:     27.2773  Max-X:   65.7392 Angstrom
Min-Y:     21.4109  Max-Y:   77.8648 Angstrom
Min-Z:      2.8069  Max-Z:   50.7219 Angstrom

Eliminating redundant surface vertices...
After elimination, V=   830465,  E=  2491276,  F=  1660850,  V+F-E-2=    37
Isosurface area: 38573.07375 Bohr^2  (********** Angstrom^2)
Sphericity:  0.3858

Calculating electrostatic potential at surface vertices, please wait patiently

Initializing LIBRETA library (fast version) for ESP evaluation ...

Intel MKL ERROR: Parameter 8 was incorrect on entry to DGEMM .
forrtl: severe (41): insufficient virtual memory

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-11 18:46:44 | 只看该作者 Only view this author
mol 发表于 2022-4-11 10:20
sob老师好,最近想用chg文件结合功能5计算分子表面各个静电势区域的面积分布,但是体系较大,2000多原子 ...

说明具体用的输入文件,以及怎么操作的
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发表于 Post on 2022-4-12 16:44:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-11 18:46
说明具体用的输入文件,以及怎么操作的

sob老师好,输入文件是chg文件,2786个原子,包括四列,原子名,x,y,z,charge。
muliwfn3.8中依次输入:
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产生以上错误信息

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-12 16:58:10 | 只看该作者 Only view this author
mol 发表于 2022-4-12 16:44
sob老师好,输入文件是chg文件,2786个原子,包括四列,原子名,x,y,z,charge。
muliwfn3.8中依次输入: ...

chg文件不包含波函数信息,所以12-0之后没法正常产生分子表面
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发表于 Post on 2022-4-12 17:00:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-12 16:58
chg文件不包含波函数信息,所以12-0之后没法正常产生分子表面

酱紫,那像这种情况有比较好的处理方法吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-13 04:45:25 | 只看该作者 Only view this author
mol 发表于 2022-4-12 17:00
酱紫,那像这种情况有比较好的处理方法吗

看此文
基于原子电荷极快速绘制超大体系的分子表面静电势图
http://sobereva.com/639http://bbs.keinsci.com/thread-28913-1-1.html
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发表于 Post on 2022-4-13 08:38:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-13 04:45
看此文
基于原子电荷极快速绘制超大体系的分子表面静电势图
http://sobereva.com/639(http://bbs.kein ...

非常感谢sob老师!

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发表于 Post on 2025-1-21 15:55:00 | 只看该作者 Only view this author
用xtb里面的“esp”命令直接算可以吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-22 06:22:32 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2025-1-21 15:55
用xtb里面的“esp”命令直接算可以吗?

--esp选项是将范德华表面顶点的坐标和静电势输出为xtb_esp.dat和xtb_esp.cosmo文件,和本文介绍的绘制表面静电势图的全流程没有可比性
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发表于 Post on 2025-1-22 09:52:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-22 06:22
--esp选项是将范德华表面顶点的坐标和静电势输出为xtb_esp.dat和xtb_esp.cosmo文件,和本文介绍的绘制表 ...

我体系600多原子,用该方法算的好慢。

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