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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn资源与经验] 巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-22 13:03:52 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2025-1-22 09:52
我体系600多原子,用该方法算的好慢。

用更好的CPU所有核并行、linux版Multiwfn、确保计算方式得当
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发表于 Post on 2025-3-10 15:13:23 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,我想请教一下,按照这种方法算出来的精度是不是比按照这篇文章《基于原子电荷极快速绘制超大体系的分子表面静电势图》(http://sobereva.com/639)算出来的要高很多呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-10 22:49:49 | 只看该作者 Only view this author
xxx127 发表于 2025-3-10 15:13
sob老师好,我想请教一下,按照这种方法算出来的精度是不是比按照这篇文章《基于原子电荷极快速绘制超大体 ...

更高
但还比不上基于DFT得到的静电势
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发表于 Post on 2025-3-14 15:04:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-10 22:49
更高
但还比不上基于DFT得到的静电势

非常感谢老师的回复!

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发表于 Post on 2025-6-2 21:41:10 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请问我在分析体系的静电势的时候,寻找表面的最大和最小值,发现只能看见最小值,无法看见最大值,最大值显示的是*****这一串字符。这个是超出了程序每列显示的最大位数吗,请问可以修改最大位数吗?

202506022141024224..png (31.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 99)

202506022141024224..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-2 22:18:07 | 只看该作者 Only view this author
xu123123 发表于 2025-6-2 21:41
老师好,请问我在分析体系的静电势的时候,寻找表面的最大和最小值,发现只能看见最小值,无法看见最大值, ...

输入文件用得不对,认真看当前帖子以及下文
认真看
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html

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发表于 Post on 2025-6-3 15:51:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-2 22:18
输入文件用得不对,认真看当前帖子以及下文
认真看
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互 ...

谢谢老师回答,我用的输入文件是.fch文件,这个文件是由.molden文件在multiwfn(3.8_dev)软件中生成出来的.fch文件,老师您的意思是把.molden手动把原子序数那一列改成实际核电荷数,这样才能正常分析体系表面的极值吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-3 22:39:34 | 只看该作者 Only view this author
xu123123 发表于 2025-6-3 15:51
谢谢老师回答,我用的输入文件是.fch文件,这个文件是由.molden文件在multiwfn(3.8_dev)软件中生成出来的 ...

molden文件能提供的信息和fch是一样的,直接把molden文件载入Multiwfn算静电势就完了,干嘛转成fch,毫无意义,完全多此一举
并且说清楚molden文件是什么体系、用什么程序以什么输入文件计算产生的。我根本没说那个意思
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发表于 Post on 2025-6-4 00:00:28 | 只看该作者 Only view this author
好的老师,molden文件是金团簇的中性体系,molden是通过orca产生的,那我再用molden文件算一算静电势。

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发表于 Post on 2025-6-4 09:52:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-3 22:39
molden文件能提供的信息和fch是一样的,直接把molden文件载入Multiwfn算静电势就完了,干嘛转成fch,毫无 ...

老师,我把ocra生成的molden文件直接放入multiwfn里计算后,发现还是无法找到表面静电势的最大值,请问老师我哪里个地方没有做对。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-4 09:56:17 | 只看该作者 Only view this author
xu123123 发表于 2025-6-4 09:52
老师,我把ocra生成的molden文件直接放入multiwfn里计算后,发现还是无法找到表面静电势的最大值,请问老 ...

molden文件压缩后传网盘贴链接,说明Multiwfn里输入的所有命令
那叫ORCA

倘若用了赝势,需要恰当修改molden文件,下文明确说了,否则静电势算得没意义
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http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html
懒得改就用ORCA和Multiwfn的最新版本,不需要自己修改,上文说了

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发表于 Post on 2025-6-4 15:05:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-4 09:56
molden文件压缩后传网盘贴链接,说明Multiwfn里输入的所有命令
那叫ORCA

老师这个是体系molden的网盘链接:https://pan.baidu.com/s/1_-Kc6Fwr01fV9aWYE9MUjg?pwd=zysm

在multiwfn的指令是
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-4 17:07:08 | 只看该作者 Only view this author

按我前面说的改完了molden文件再计算
Multiwfn都提示得如此明确了:

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发表于 Post on 2025-6-4 22:16:42 | 只看该作者 Only view this author
好的谢谢老师

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发表于 Post on 2025-6-5 19:22:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-4 17:07
按我前面说的改完了molden文件再计算
Multiwfn都提示得如此明确了:

我按老师说的用orca6.0和multiwfn的两个软件的最新版已经成功将静电势计算的问题解决了,谢谢老师的指点。

老师我还有一个疑问是我分别用orca5.0和orca6.0生成的同一个结构的molden文件,我发现两个molden的Au的原子索引都是79,C和H分别是6和1 都是一样的,两个文件最前面就只有xyz坐标不一样,请问老师这个是orca内部计算的原因吗?

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