计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 11303|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 能量振荡无法收敛,已经很长时间了,实在没办法解决,各种办法都试过了,求助

[复制链接 Copy URL]

9

帖子

0

威望

63

eV
积分
72

Level 2 能力者

本帖最后由 malong 于 2019-5-7 23:02 编辑

在寻找过渡态的时候,能量在两个结构之间振荡,能量最低的那个结构就是我要找的ts,但是由于振荡的原因无法收敛。通过在opt里面设置最大步长maxstep=2,能量依然振荡。这个能量优化图示用qst3的方法优化的

微信图片_20190507181112.png (68.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 53)

ts寻找的能量优化路径

ts寻找的能量优化路径

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-5-7 18:58:48 | 只看该作者 Only view this author
看轨迹变化,如果末端结构看着像TS,加上maxstep=3再试
如果末端结构都没TS的样子,重新调整初猜

以后传图时候每张图的含义都要进行解释,对问题进行确切的描述,别光发图
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

9

帖子

0

威望

63

eV
积分
72

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-7 19:05:04 | 只看该作者 Only view this author
末端结构就是TS,我之前用maxstep=5还是振荡,我已经在用maxstep=2试了,图片描述的问题下次一定会注意的,非常感谢老师。

9

帖子

0

威望

63

eV
积分
72

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-7 20:03:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 malong 于 2019-5-7 22:27 编辑
sobereva 发表于 2019-5-7 18:58
看轨迹变化,如果末端结构看着像TS,加上maxstep=3再试
如果末端结构都没TS的样子,重新调整初猜
这个是我把qst3(帖子中的结构)振荡的最后一个结构提取出来然后用ts的方法继续寻找过渡态,第36个点是我设置优化步长maxstep=2从上次优化的结构继续restart,结果第37,38,39依然出现了振荡。
输入文件:%chk=ts-addition-enediyne.chk
%mem=120GB
%nprocshared=16
#p opt=(calcall,ts,maxstep=2,notrust,noeigentest,restart) freq b3lyp/6-31g(d) geom=check empiricaldispersion=gd3


微信图片_20190507195144.png (221.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 61)

过渡态能量优化路径图

过渡态能量优化路径图

313

帖子

0

威望

3951

eV
积分
4264

Level 6 (一方通行)

秦都王城守卫教头

5#
发表于 Post on 2019-5-7 21:53:59 | 只看该作者 Only view this author
malong 发表于 2019-5-7 20:03
老师
这个是我把qst3(帖子中的结构)振荡的最后一个结构提取出来然后用ts的方法继续寻找过渡态,第36个 ...

你在搞笑吗,这坨图片谁认识
用心去观察这纷纷扰扰的红尘

9

帖子

0

威望

63

eV
积分
72

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-7 22:28:47 | 只看该作者 Only view this author
alonewolfyang 发表于 2019-5-7 21:53
你在搞笑吗,这坨图片谁认识

老师第一次发帖没有考虑全面望见谅,我把帖子重新整理了一遍,您看现在可以不

9

帖子

0

威望

63

eV
积分
72

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-7 22:33:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 malong 于 2019-5-7 22:49 编辑
alonewolfyang 发表于 2019-5-7 21:53
你在搞笑吗,这坨图片谁认识

我把帖子重新整理了,第一次发帖没有了解清楚规则,望见谅

193

帖子

0

威望

4251

eV
积分
4444

Level 6 (一方通行)

8#
发表于 Post on 2019-5-8 08:15:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-7 18:58
看轨迹变化,如果末端结构看着像TS,加上maxstep=3再试
如果末端结构都没TS的样子,重新调整初猜

借楼请教一下老师,如果用opt=(calcall,ts,noeigen)优化过渡态震荡不收敛,最后一帧结构接近过渡态结构,振动模式也对,还有必要尝试maxstep=3,notrust吗?还是说calcall优化不出来的用maxstep=3也不会优化出来?
eureka

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2019-5-8 09:28:35 | 只看该作者 Only view this author
Frank 发表于 2019-5-8 08:15
借楼请教一下老师,如果用opt=(calcall,ts,noeigen)优化过渡态震荡不收敛,最后一帧结构接近过渡态结构, ...

有必要
如果说calcall能解决80%概率的不收敛问题,加上maxstep可能能提升到90%~95%概率
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2019-5-8 09:30:49 | 只看该作者 Only view this author
malong 发表于 2019-5-7 20:03
这个是我把qst3(帖子中的结构)振荡的最后一个结构提取出来然后用ts的方法继续寻找过渡态,第36个点是我设 ...

我看不出你这是个什么反应。怎么碳上一个氢还跑到另一个氢上去了
当你要求优化TS,然而当前结构和实际TS偏离极大,都没正确TS的模样,反复震荡不收敛是正常的(哪怕收敛了,结果也没有意义)
PS:opt=TS的时候默认就用notrust,此时没必要写notrust
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

9

帖子

0

威望

63

eV
积分
72

Level 2 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-8 09:45:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-8 09:30
我看不出你这是个什么反应。怎么碳上一个氢还跑到另一个氢上去了
当你要求优化TS,然而当前结构和实际TS ...

我这个是三甲胺加氢的一个步骤,前面还有一个步骤是夺取附近一个碳原子的氢,主要是振荡的下面的点就是我要的ts,下面点的的振动模式也是正确的。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 00:32 , Processed in 0.266377 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list