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[配置讨论] 求助 自己组的服务器跑模拟,请各路大神点评一下

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发表于 2019-5-9 17:08:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 晓滨MD 于 2019-5-9 17:11 编辑

自己组了个服务器跑分子动力学模拟,但是跑了一个3200多个原子的体系500000步,最后跑MD速度巨慢
电脑配置如下:
处理器:英特尔 Xeon(至强) E5-2678 v3 @ 2.50GHz(X2)
主板:超微 X10DRL-i(Wellsburg)
内存:128G(三星 DDR4 2666MHz)
主硬盘:三星 SSD 860 EVO 250GB (250GB/固态硬盘)
显卡:ASPEED ASPEED Graghics Family (16MB/超微)
显示器:Topview(冠捷)LCD1901 1901 (19.1英寸)
网卡:英特尔 I210 Gigabit Network Connection/超微电脑型号:超微 super server main server chassis
系统:win10和centos7


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发表于 2019-5-9 18:26:53 | 显示全部楼层
上1080Ti之类的卡

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 楼主| 发表于 2019-5-9 20:09:36 | 显示全部楼层
qchem 发表于 2019-5-9 18:26
上1080Ti之类的卡

显卡吗

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发表于 2019-5-9 21:17:54 | 显示全部楼层
显卡换掉,随便一块NVIDIA的卡都能让你的模拟速度有质的飞跃。头铁就换2080之类的,求稳就换1080这种。

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发表于 2019-5-9 21:26:00 | 显示全部楼层
必须把细节说清楚,连用的什么程序、什么样的设定跑的都没提,谁也没法说怎么解决。不同程序、不同设定、不同力场,同样原子数跑MD速度甚至能差两三个数量级
如果诸如用gmx跑个3000多原子的盒子,不管用不用GPU加速,巨慢都是不可能的
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 楼主| 发表于 2019-5-10 08:10:37 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-5-9 21:26
必须把细节说清楚,连用的什么程序、什么样的设定跑的都没提,谁也没法说怎么解决。不同程序、不同设定、不 ...

好的,老师。我使用GROMACS联用GAFF力场,模拟用到的结构和拓扑文件都是用acpype生成的,体系是[Bmim][CH3COO]和甲酚。用到的参数在附件,请老师指导一下-

MD参数.txt

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发表于 2019-5-10 10:09:17 | 显示全部楼层
你的mdp以及机子配置本身没问题,应该很快就能算完。巨慢的话,没有更多信息,也不好确定。应该是软件层面的事
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 楼主| 发表于 2019-5-10 10:31:06 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-5-10 10:09
你的mdp以及机子配置本身没问题,应该很快就能算完。巨慢的话,没有更多信息,也不好确定。应该是软件层面 ...

谢谢老师。老师,如果我把原子数降到1000左右,模拟时间适当延长,这样得到的结果会不会很大的误差?

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发表于 2019-5-10 10:58:44 | 显示全部楼层
晓滨MD 发表于 2019-5-10 10:31
谢谢老师。老师,如果我把原子数降到1000左右,模拟时间适当延长,这样得到的结果会不会很大的误差?

不是原子数的事
正常情况下,你的配置,跑个几万原子都是很快的
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 楼主| 发表于 2019-5-10 11:20:09 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-5-10 10:58
不是原子数的事
正常情况下,你的配置,跑个几万原子都是很快的

现在用的是gromacs2019.2版本,老师我上传了模拟的log文件,我换个gromacs的版本再试试

md0.log

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发表于 2019-5-10 16:29:52 | 显示全部楼层
晓滨MD 发表于 2019-5-10 11:20
现在用的是gromacs2019.2版本,老师我上传了模拟的log文件,我换个gromacs的版本再试试

又不是要跨节点,不要用MPI版gmx
计算时候用-nt [CPU物理核心数] -pin on,不要用所有逻辑核心做计算
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 楼主| 发表于 2019-5-10 17:04:25 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-5-10 16:29
又不是要跨节点,不要用MPI版gmx
计算时候用-nt [CPU物理核心数] -pin on,不要用所有逻辑核心做计算

好的,谢谢老师

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发表于 2019-5-10 17:19:31 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-5-10 16:29
又不是要跨节点,不要用MPI版gmx
计算时候用-nt [CPU物理核心数] -pin on,不要用所有逻辑核心做计算

正解 乱用MPI,有时候gmx会只用1个core跑
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