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[Multiwfn使用咨询] 使用福井函数预测活性位点时,wfn文件产生后,得到结果和说明书中不一样

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发表于 2015-6-23 23:44:11 | 显示全部楼层 |阅读模式
求助!
老师你好!我想用福井函数预测分子的活性位点,就看说明书3.3.71Multiwfn中238页4.5.4 中First of all 那一段说生成phenol+1.wfn文件可以不用优化,直接把电荷和多重度改为1和2,然后再计算,为什么得到的结果和说明书的不一样呢?都是优化的苯酚,6-31*条件下我把图传上来,哪位大师给指点下~感激不敬~

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 楼主| 发表于 2015-6-23 23:46:41 | 显示全部楼层
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发表于 2015-6-24 06:35:08 | 显示全部楼层
不要发截图,直接把.gjf文件和.wfn文件传上来
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 楼主| 发表于 2015-6-24 08:49:49 | 显示全部楼层

RE: 使用福井函数预测活性位点时,wfn文件产生后,得到结果和说明书中不一样

sobereva 发表于 2015-6-24 06:35
不要发截图,直接把.gjf文件和.wfn文件传上来

pho.gjf (1.01 KB, 下载次数: 9)

pho+1.gjf

1.01 KB, 下载次数: 10

pho+1.wfn

127 KB, 下载次数: 1

pho.wfn

67.14 KB, 下载次数: 1

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 楼主| 发表于 2015-6-24 08:58:43 | 显示全部楼层
对应的是phenol.wfn 和phenol+1.wfn,说明书中说不要优化,我的疑问是不知道phenol+1.wfn这个文件是怎么来的,是不是在Gaussian09W中更改 ,把Route Section中opt freq删去,在后面加上   output=wfn,在charge multipl里将0 1改为1 2,然后再提交计算?谢谢老师~

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发表于 2015-6-24 09:35:04 | 显示全部楼层
输入文件不对,最后得到的两个wfn文件里的坐标明显是不对应的,密度差此时无意义。

应该这样:
1 优化中性体系
2 用gv打开1的输出文件,保存成两个单点输入文件。其中一个设0 1,另一个设1 2
3 把两个单点输入文件分别计算,得到相应的两个.wfn文件。
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 楼主| 发表于 2015-6-24 12:44:07 | 显示全部楼层
老师,这次算完之后,两个文件的坐标都一样了,图也做出来了,但是在wfn文件中跟example中的例子phenol.wfn中 PRIMITIVES 的值还是有点差别,麻烦您再给看看~谢谢老师啦~

benfen0.wfn

78.56 KB, 下载次数: 8

benfen0.gjf

997 Bytes, 下载次数: 14

benfen+1.wfn

148.78 KB, 下载次数: 8

benfen+1.gjf

1000 Bytes, 下载次数: 15

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发表于 2015-6-24 12:50:29 | 显示全部楼层
用的基组不一样结果肯定不一样。
6-31G这种基组太差,最低可接受级别是6-31G*
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 楼主| 发表于 2015-6-24 13:43:37 | 显示全部楼层
老师,我明白了~谢谢~

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发表于 2015-8-19 22:24:32 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2015-6-24 09:35
输入文件不对,最后得到的两个wfn文件里的坐标明显是不对应的,密度差此时无意义。

应该这样:

Sob老师,那phenol-1.wfn的charge和multipl设的是多少呢?

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发表于 2015-8-19 22:59:19 | 显示全部楼层
castiel 发表于 2015-8-19 22:24
Sob老师,那phenol-1.wfn的charge和multipl设的是多少呢?

-1,1
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发表于 2015-8-21 22:14:44 | 显示全部楼层

谢谢sob老师。但是我设置为-1 1的时候却立刻出错了,而01和12的时候都没有问题,基于优化好的同一个结构计算的。

报错为the combination of multiplicity 1 and 59 electrons is impossible.

是不是我的初始结构还要加一个H以后 重新优化后才能计算-1 1呢?

还请sob老师帮忙解答下,谢谢。

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发表于 2015-8-22 12:42:47 | 显示全部楼层
castiel 发表于 2015-8-21 22:14
谢谢sob老师。但是我设置为-1 1的时候却立刻出错了,而01和12的时候都没有问题,基于优化好的同一个结构 ...

说错了,应该是-1,2
因为原本是0,1,多了一个电子自旋多重度必定变为2。
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发表于 2019-3-16 11:26:37 | 显示全部楼层
郭严1993 发表于 2015-6-24 12:44
老师,这次算完之后,两个文件的坐标都一样了,图也做出来了,但是在wfn文件中跟example中的例子phenol.wfn ...

请问你的.wfn是怎么产生的?

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发表于 2019-3-16 11:30:25 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2015-6-24 09:35
输入文件不对,最后得到的两个wfn文件里的坐标明显是不对应的,密度差此时无意义。

应该这样:

老师请问我把单点能计算好了,怎么转化为.wfn文件
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