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[Multiwfn使用咨询] 使用福井函数预测活性位点时,wfn文件产生后,得到结果和说明书中不一样

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求助!
老师你好!我想用福井函数预测分子的活性位点,就看说明书3.3.71Multiwfn中238页4.5.4 中First of all 那一段说生成phenol+1.wfn文件可以不用优化,直接把电荷和多重度改为1和2,然后再计算,为什么得到的结果和说明书的不一样呢?都是优化的苯酚,6-31*条件下我把图传上来,哪位大师给指点下~感激不敬~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-6-23 23:46:41 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2015-6-24 06:35:08 | 只看该作者 Only view this author
不要发截图,直接把.gjf文件和.wfn文件传上来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-6-24 08:49:49 | 只看该作者 Only view this author

RE: 使用福井函数预测活性位点时,wfn文件产生后,得到结果和说明书中不一样

sobereva 发表于 2015-6-24 06:35
不要发截图,直接把.gjf文件和.wfn文件传上来

pho.gjf (1.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

pho+1.gjf

1.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 14

pho+1.wfn

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pho.wfn

67.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-6-24 08:58:43 | 只看该作者 Only view this author
对应的是phenol.wfn 和phenol+1.wfn,说明书中说不要优化,我的疑问是不知道phenol+1.wfn这个文件是怎么来的,是不是在Gaussian09W中更改 ,把Route Section中opt freq删去,在后面加上   output=wfn,在charge multipl里将0 1改为1 2,然后再提交计算?谢谢老师~

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发表于 Post on 2015-6-24 09:35:04 | 只看该作者 Only view this author
输入文件不对,最后得到的两个wfn文件里的坐标明显是不对应的,密度差此时无意义。

应该这样:
1 优化中性体系
2 用gv打开1的输出文件,保存成两个单点输入文件。其中一个设0 1,另一个设1 2
3 把两个单点输入文件分别计算,得到相应的两个.wfn文件。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-6-24 12:44:07 | 只看该作者 Only view this author
老师,这次算完之后,两个文件的坐标都一样了,图也做出来了,但是在wfn文件中跟example中的例子phenol.wfn中 PRIMITIVES 的值还是有点差别,麻烦您再给看看~谢谢老师啦~

benfen0.wfn

78.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 15

benfen0.gjf

997 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 18

benfen+1.wfn

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benfen+1.gjf

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发表于 Post on 2015-6-24 12:50:29 | 只看该作者 Only view this author
用的基组不一样结果肯定不一样。
6-31G这种基组太差,最低可接受级别是6-31G*
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-6-24 13:43:37 | 只看该作者 Only view this author
老师,我明白了~谢谢~

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发表于 Post on 2015-8-19 22:24:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-6-24 09:35
输入文件不对,最后得到的两个wfn文件里的坐标明显是不对应的,密度差此时无意义。

应该这样:

Sob老师,那phenol-1.wfn的charge和multipl设的是多少呢?

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发表于 Post on 2015-8-19 22:59:19 | 只看该作者 Only view this author
castiel 发表于 2015-8-19 22:24
Sob老师,那phenol-1.wfn的charge和multipl设的是多少呢?

-1,1
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发表于 Post on 2015-8-21 22:14:44 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师。但是我设置为-1 1的时候却立刻出错了,而01和12的时候都没有问题,基于优化好的同一个结构计算的。

报错为the combination of multiplicity 1 and 59 electrons is impossible.

是不是我的初始结构还要加一个H以后 重新优化后才能计算-1 1呢?

还请sob老师帮忙解答下,谢谢。

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发表于 Post on 2015-8-22 12:42:47 | 只看该作者 Only view this author
castiel 发表于 2015-8-21 22:14
谢谢sob老师。但是我设置为-1 1的时候却立刻出错了,而01和12的时候都没有问题,基于优化好的同一个结构 ...

说错了,应该是-1,2
因为原本是0,1,多了一个电子自旋多重度必定变为2。
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发表于 Post on 2019-3-16 11:26:37 | 只看该作者 Only view this author
郭严1993 发表于 2015-6-24 12:44
老师,这次算完之后,两个文件的坐标都一样了,图也做出来了,但是在wfn文件中跟example中的例子phenol.wfn ...

请问你的.wfn是怎么产生的?

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发表于 Post on 2019-3-16 11:30:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-6-24 09:35
输入文件不对,最后得到的两个wfn文件里的坐标明显是不对应的,密度差此时无意义。

应该这样:

老师请问我把单点能计算好了,怎么转化为.wfn文件

本版积分规则 Credits rule

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