大体系弱相互作用计算求助

tobeant

之前阅读了sob老师的相关博客《大体系弱相互作用计算的解决之道》、《Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览》、《PM7、PM6-DH+半经验方法在优化碱基对儿时的失败》等，但还是有些困惑，希望各位坛友帮帮忙。

研究体系：主体CHNOSFe金属无机化合物、300+个原子，客体CHNO小分子、<20个原子，整个体系不为中性
研究目的：探索主客体弱相互作用，主体吸附、封装客体的作用机理

问题在于不知道该采取怎样的计算方法：
1.  之前尝试过g09的ONIOM方法，但感觉如何分层及选取各层的计算精度都是考究的问题，后来放弃了
2. 若采取PM7方法，计算精度是否可靠？计算结果能否用Multiwfn分析？目前正在学习MOPAC2012使用
3. 若采取Orca的方法，S与Fe原子该用什么基组处理？一直没有接触过Orca

不知各位坛友有什么好的建议，希望能多指点，先谢谢了。

sobereva

几何优化耗时比单点多大一个多数量级，可以先用PM7优化。如果对结果精度要求高，可以再进一步用ORCA在RI-BLYP-D3/def2-SVP+gCP校正下优化。
算单点的时候就用RI-BLYP-D3/def2-SVP+gCP校正。如果觉得计算量还有富余，可以把def2-SVP提升到def2-TZVP。

S和Fe用def2-SVP、def2TZVP都没问题。平时用的比如6-31G*、6-311G**等也都可以。

Multiwfn当前版本不支持分析MOPAC的结果，建议用ORCA在RI-BLYP-D3/def2-SVP下产生.molden文件再用Multiwfn做各种波函数分析。

PM7能得到定性正确的结果，但如果定量精度要求高，建议还是用DFT-D类方法再refine一下结果。

tobeant

从http://ccc.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=55下载了orca3.03与openmpi-1.6.5，
按照http://ccc.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=663方法进行了安装。

在win7与linux下分别进行了测试，并行出现问题，不知如何解决，求指导。

win7: 12核，32G内存, openmpi运行有错误，只进行了单cpu计算。
Linux：一个节点12cpu，共32G内存，只进行了单节点计算，没有跨节点并行，采用pbs提交作业。

1. 进行了C60单点能的计算，输入文件关键词如下：

1. ！ BLYP D3 def2-SVP def2-SVP/J nopop
   
2. % maxcore 1000

复制代码

计算所用时间如下：

	1cpu	2cpu	4cpu	8cpu	12cpu
win7	8m45s
Linux	7m37s	4m22s	2m42s	1m39s	1m59s

对于C60这样的体系，并行加速效果是很明显的。

2. 对金属骨架复合物300+个原子进行单点能计算，输入文件关键词如下：

1. ！ BLYP D3 GCP(DFT/SVP) def2-SVP def2-SVP/J nopop
   
2. % maxcore 1000 #也用过2000

复制代码

计算所用时间如下：
win7:1cpu：7.5 h

在linux下计算明显变慢，而且计算时间不具有重复性。
对单节点下1-12个cpu进行过多次测试，
大多数情况下运行速度相差不大，SCF CYCLE为47左右，计算时间均为11h左右，比win7下单cpu还慢。
但是，其中有一次1cpu计算时间为5.5h，8cpu计算为1.2h，感觉上像是正常情况下的运行速度。
另外，让师弟在其他集群上进行了相同计算，单节点计算时间在1-2h内能完成。

不知道出现上述问题，是软件本身的设置问题，还是硬件的问题。
集群每个节点上有250G硬盘空间，集群外接一个存储作为共享空间，大小为50T，运行速度是否和运算过程临时文件读写有关？
请帮忙指点，非常感谢。

sobereva

tobeant 发表于 2015-7-16 15:41
从http://ccc.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=55下载了orca3.03与openmpi-1.6.5，
按照http:// ...

SCF单点计算耗不了多少内存和硬盘。
建议计算过程中用top仔细监视CPU占用和内存占用，看看怎么回事。

lao7

必要单纯用win7和linux比较计算耗时大小，因为计算过程耗时带有一定随机性。即使用同一个系统下计算两次，计算耗时也难以绝对相等。linux最大优点是稳定性，而且楼主不优化结构的情况下，直接计算单点能不知道有什么意义？如果进行结构优化，用blyp d3...这个计算量计算机配置计算不了，卡都给你卡死了，不信试试看吧.

lao7

上楼第一句前面带个`不`字

tobeant

果然如楼上所言，可能是集群内存配置不够，orca算不动这样的体系，最后用多节点并行的Dmol3完成了结构优化，但是存在一个-10左右的虚频，强度为1km/mol左右，调整了几次初始结构，最终还是没有消除掉。Dmol3采用的方法为，GGA-PBE/DNP+, 外加TS色散校正，用6个节点72核，算一次结构优化和频率在7~10天。想请教各位：在这样的计算精度下，可不可以忽略这个虚频，直接拿优化的结构进行下一步的分析?因为想要用Multiwfn软件进行弱相互作用分析，所以想用Gaussian或者Orca进行单点能计算，这样做是否可行，又该选用哪种方法和基组？谢谢大家了。

sobereva

tobeant 发表于 2015-11-10 17:14
果然如楼上所言，可能是集群内存配置不够，orca算不动这样的体系，最后用多节点并行的Dmol3完成了结构优化 ...

你看看虚频的振动模式，看是否和主要研究区域有关。
dmol3我不常用，调初始结构没多大用，如果有增加泛函积分精度的选项把精度调高点，把几何优化收敛限设严点，无论对于哪个程序这都有助于解决虚频。
单点用def2-SVP就行了，方法用B3LYP或M06-2X就可以。

qyyos

sobereva 发表于 2015-6-24 09:42
几何优化耗时比单点多大一个多数量级，可以先用PM7优化。如果对结果精度要求高，可以再进一步用ORCA在RI-BL ...

sob老师好，在您的培训资料里有“gaussian支持PM6-D3”，我用高斯优化结构，input里写了'PM6-D3'，但是在读取关键词时候就会出错，“A syntax was detected in the input line”，
原因是在高斯里的关键词为 PM6D3

sobereva

qyyos 发表于 2016-10-8 19:04
sob老师好，在您的培训资料里有“gaussian支持PM6-D3”，我用高斯优化结构，input里写了'PM6-D3'，但是在 ...

本来就应该写PM6D3。正如同M06-2X在高斯里是M062X、B2PLYP-D3在高斯里是B2PLYPD3。不确定怎么写的时候一看手册就知道了。

qyyos

sobereva 发表于 2016-10-9 00:28
本来就应该写PM6D3。正如同M06-2X在高斯里是M062X、B2PLYP-D3在高斯里是B2PLYPD3。不确定怎么写的时候 ...

谢谢sob老师！

一条君

sobereva 发表于 2015-6-24 09:42
几何优化耗时比单点多大一个多数量级，可以先用PM7优化。如果对结果精度要求高，可以再进一步用ORCA在RI-BL ...

老师，看到【所以G09 D.01的用户如果要算频率的话，还是在零阻尼下优化为宜http://sobereva.com/210】，请问D.01用户计算大体系弱相互作用，是建议结构优化和频率计算在零阻尼下进行，单点在BJ阻尼进行；还是优化、频率、单点都在零阻尼下进行呢

sobereva

一条君 发表于 2024-2-23 22:24
老师，看到【所以G09 D.01的用户如果要算频率的话，还是在零阻尼下优化为宜http://sobereva.com/210】， ...

单点在D3BJ下进行