计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 13338|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 关于过渡态检测的问题

[复制链接 Copy URL]

54

帖子

3

威望

9350

eV
积分
9464

Level 6 (一方通行)

本帖最后由 limaolin0 于 2015-6-24 10:47 编辑

各位老师好:
    在使用高斯进行过渡态计算的时候,过渡态已经找到。
    结果发现:1. 从IRC各个点对应的情况来看,的确是从反应物向产物的变化过程。
                     2. 过渡态的吉布斯自由能比产物和反应物都要低,这个和一般的计算结果不一样,不知道是什么原因。


以下是产物、反应物、过渡态能量关系:

主要问题有三个:
1.RMS出现了两个拐点,想问问一般这样的情况是否正常?
2.出现过渡态比产物和反应物的吉布斯自由能都低的情况是不是说明这个反应不要需要越过能垒就能自发的发生?
3.刚接触到高斯不久,不知道这样的结果可不可靠?

还请各位老师指点迷津
        谢谢

以下是IRC输入文件:
%chk=TS-3-bc-IRC.chk
%mem=12000MB
%nprocshared=8
# b3lyp/genecp irc=(calcfc, maxpoints=10, stepsize=10)

TS-3-bc-IRC

0 1
.....
.....

C H O N P 0
6-31G*
****
Ir 0
LANL2dz
****

Ir 0
LANL2dz



5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112499

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2015-6-24 11:48:57 | 只看该作者 Only view this author
1 正常

2、3 你在找过渡态的时候就应该带着溶剂模型,此时不可能“单点能(溶剂化后)”中过渡态能量比产物还低。

过渡态的自由能比反应物和产物低并不稀奇,此时说明此过渡态只是理论上的过渡态,而非实际的过渡态。这点在本论坛里以前也有讨论,可以用论坛首页的google搜索栏搜搜。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

54

帖子

3

威望

9350

eV
积分
9464

Level 6 (一方通行)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-6-25 21:55:12 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sobereva老师

206

帖子

3

威望

2814

eV
积分
3080

Level 5 (御坂)

4#
发表于 Post on 2015-6-25 22:37:11 | 只看该作者 Only view this author
同意  今天上课的时候练习 就发现了带着溶剂效应和不带 差别还是有点大的
主攻: 蛋白-蛋白对接,蛋白de novo设计、蛋白结构建模,抗体设计等方向。Rosetta/PyRosetta

407

帖子

0

威望

856

eV
积分
1263

Level 4 (黑子)

5#
发表于 Post on 2015-8-5 19:23:33 | 只看该作者 Only view this author
学习了,和自己想的差好多啊

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 12:35 , Processed in 0.911337 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list