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[综合交流] 审稿意见求助,关于反应路径和熵变。

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发表于 2019-5-14 16:08:32 | 显示全部楼层 |阅读模式
计算反应路径,其中有一步反应为H3PO4和CH3自由基的反应,审稿人意见为:the O-H bond strength of H3PO4 can be calculated fromthe gas acidity of H3PO4 and the electron affinity of H2PO4-. How does thatcompare with the C0H bond energy of CH4 and so one can derive an experimentalvalue for the H transfer from Ch4 and H2PO4. What about phosphrane derivativesas intermediates or transition states.请问他是什么意思?我们的计算结果说明H3PO4和CH3自由基的反应是放热的,是正向进行的。是否存在CH3直接取代掉H3PO4中一个OH,然后OH与一个H生成H2O的可能性?另外,我们的文章中对计算路径中的自由能和焓变进行了详细比较分析,审稿人认为需要加上对熵变的分析,有大神指导应该怎么实现不

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发表于 2019-5-14 20:08:54 | 显示全部楼层
让你基于实验上已有的气相酸度和电子亲和能去算H3PO4解离成H2PO4和H自由基的焓变(恰当构建热力学循环得到),和你自己算的进行对照
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 楼主| 发表于 2019-5-15 15:34:47 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-5-14 20:08
让你基于实验上已有的气相酸度和电子亲和能去算H3PO4解离成H2PO4和H自由基的焓变(恰当构建热力学循环得到 ...

感谢您的回复。另外有一个问题,目前我们的计算中已有计算路径中的自由能和焓变,是否有必要加上对熵变的探讨?若有必要,该如何实现?

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发表于 2019-5-15 17:15:39 | 显示全部楼层
pikomon 发表于 2019-5-15 15:34
感谢您的回复。另外有一个问题,目前我们的计算中已有计算路径中的自由能和焓变,是否有必要加上对熵变的 ...

审稿人让你讨论就讨论呗,说说各个结构的熵或者-TS项的大小。振动分析输出文件里直接就有熵的数据。
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发表于 2019-5-15 20:48:19 来自手机 | 显示全部楼层
本帖最后由 granvia 于 2019-5-15 20:49 编辑
pikomon 发表于 2019-5-15 15:34
感谢您的回复。另外有一个问题,目前我们的计算中已有计算路径中的自由能和焓变,是否有必要加上对熵变的 ...


(H-G)/T即为熵。若需考虑各motion的贡献,Guassian频率计算输出文件有输出(默认是标准条件下的),若自定义温度和压力,可用freqchk处理下check-point文件即可

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 楼主| 发表于 2019-5-17 10:48:59 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-5-15 17:15
审稿人让你讨论就讨论呗,说说各个结构的熵或者-TS项的大小。振动分析输出文件里直接就有熵的数据。

感谢老师您的回复。关于您之前回复的基于实验上已有的气相酸度和电子亲和能去算H3PO4解离成H2PO4和H自由基的焓变,这应该怎么实现呀,能否指导一二

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 楼主| 发表于 2019-5-17 10:50:16 | 显示全部楼层
granvia 发表于 2019-5-15 20:48
(H-G)/T即为熵。若需考虑各motion的贡献,Guassian频率计算输出文件有输出(默认是标准条件下的),若 ...

感谢您的回复。受益匪浅。

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发表于 2019-5-17 18:23:39 | 显示全部楼层
pikomon 发表于 2019-5-17 10:48
感谢老师您的回复。关于您之前回复的基于实验上已有的气相酸度和电子亲和能去算H3PO4解离成H2PO4和H自由 ...

酸度对应质子解离过程的pka,也对应质子解离过程的自由能变
绝热电子亲和能是两个态之间的焓的差
根据定义恰当设计热力学循环,我只能提示到这了
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 楼主| 发表于 2019-5-18 12:12:24 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-5-17 18:23
酸度对应质子解离过程的pka,也对应质子解离过程的自由能变
绝热电子亲和能是两个态之间的焓的差
根据 ...

非常感谢您的回复。
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