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[综合交流] 审稿意见求助,关于反应路径和熵变。

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计算反应路径,其中有一步反应为H3PO4和CH3自由基的反应,审稿人意见为:the O-H bond strength of H3PO4 can be calculated fromthe gas acidity of H3PO4 and the electron affinity of H2PO4-. How does thatcompare with the C0H bond energy of CH4 and so one can derive an experimentalvalue for the H transfer from Ch4 and H2PO4. What about phosphrane derivativesas intermediates or transition states.请问他是什么意思?我们的计算结果说明H3PO4和CH3自由基的反应是放热的,是正向进行的。是否存在CH3直接取代掉H3PO4中一个OH,然后OH与一个H生成H2O的可能性?另外,我们的文章中对计算路径中的自由能和焓变进行了详细比较分析,审稿人认为需要加上对熵变的分析,有大神指导应该怎么实现不

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发表于 Post on 2019-5-14 20:08:54 | 只看该作者 Only view this author
让你基于实验上已有的气相酸度和电子亲和能去算H3PO4解离成H2PO4和H自由基的焓变(恰当构建热力学循环得到),和你自己算的进行对照
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-15 15:34:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-14 20:08
让你基于实验上已有的气相酸度和电子亲和能去算H3PO4解离成H2PO4和H自由基的焓变(恰当构建热力学循环得到 ...

感谢您的回复。另外有一个问题,目前我们的计算中已有计算路径中的自由能和焓变,是否有必要加上对熵变的探讨?若有必要,该如何实现?

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发表于 Post on 2019-5-15 17:15:39 | 只看该作者 Only view this author
pikomon 发表于 2019-5-15 15:34
感谢您的回复。另外有一个问题,目前我们的计算中已有计算路径中的自由能和焓变,是否有必要加上对熵变的 ...

审稿人让你讨论就讨论呗,说说各个结构的熵或者-TS项的大小。振动分析输出文件里直接就有熵的数据。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-5-15 20:48:19 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 granvia 于 2019-5-15 20:49 编辑
pikomon 发表于 2019-5-15 15:34
感谢您的回复。另外有一个问题,目前我们的计算中已有计算路径中的自由能和焓变,是否有必要加上对熵变的 ...


(H-G)/T即为熵。若需考虑各motion的贡献,Guassian频率计算输出文件有输出(默认是标准条件下的),若自定义温度和压力,可用freqchk处理下check-point文件即可

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-17 10:48:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-15 17:15
审稿人让你讨论就讨论呗,说说各个结构的熵或者-TS项的大小。振动分析输出文件里直接就有熵的数据。

感谢老师您的回复。关于您之前回复的基于实验上已有的气相酸度和电子亲和能去算H3PO4解离成H2PO4和H自由基的焓变,这应该怎么实现呀,能否指导一二

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-17 10:50:16 | 只看该作者 Only view this author
granvia 发表于 2019-5-15 20:48
(H-G)/T即为熵。若需考虑各motion的贡献,Guassian频率计算输出文件有输出(默认是标准条件下的),若 ...

感谢您的回复。受益匪浅。

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发表于 Post on 2019-5-17 18:23:39 | 只看该作者 Only view this author
pikomon 发表于 2019-5-17 10:48
感谢老师您的回复。关于您之前回复的基于实验上已有的气相酸度和电子亲和能去算H3PO4解离成H2PO4和H自由 ...

酸度对应质子解离过程的pka,也对应质子解离过程的自由能变
绝热电子亲和能是两个态之间的焓的差
根据定义恰当设计热力学循环,我只能提示到这了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-18 12:12:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-17 18:23
酸度对应质子解离过程的pka,也对应质子解离过程的自由能变
绝热电子亲和能是两个态之间的焓的差
根据 ...

非常感谢您的回复。

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发表于 Post on 2019-8-22 21:37:26 | 只看该作者 Only view this author
你好,关于在反应路径中讨论熵变的问题,不知道你是怎么讨论的这个问题呢?或者你的文章是否已经接收?可以推荐给我阅读吗?感谢

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