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[GROMACS] 求教Gromacs计算NPT系综的密度和蒸发焓,以及NVT系综的表面张力的方法?

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发表于 2019-5-14 16:55:58 | 显示全部楼层 |阅读模式
本人才接触Gromacs不久,即将参加6月6日的第五届GROMACS程序培训班,有几个小白问题想弄个清楚,有了解的大神恳请告知。
① 我对模拟时间100ns、模拟尺度500粒子数的NPT水盒子,使用g_energy_mpi -f npt100.edr -b 50000命令计算后50ns轨迹的Potential和Density,所得的Potential值-20673.5(Average)怎么与蒸发焓进行换算?关系式(ΔH = Potential/500 - 2.477)对吗?所得的Density值1006.3(Average)即该体系后50ns的平均密度(单位g/L)对吗?② 我对模拟时间100ns、模拟尺度4000粒子数的NVT水盒子(尺寸8.5×8.5×25,约一半水一半真空),使用g_energy_mpi -f nvt100.edr -b 50000命令计算后50ns轨迹的#Surf*SurfTen,所得的#Surf*SurfTen值1451.6怎么与水/真空界面的表面张力进行换算?关系式(水/真空界面表面张力 = #Surf*SurfTen/20)对吗?

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发表于 2019-5-14 19:04:10 | 显示全部楼层
你这不是完整的命令吧
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发表于 2019-5-14 20:03:46 | 显示全部楼层
蒸发焓、表面张力的计算在你这次参加的北京科音分子动力学与GROMACS培训班里都有,到时候参加过就明白了
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
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 楼主| 发表于 2019-5-14 20:10:40 | 显示全部楼层

这里的命令是调用g_energy程序分析md轨迹的,完整命令与分析目标性质(密度、蒸发焓、表面张力)有关

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 楼主| 发表于 2019-5-14 20:25:19 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-5-14 20:03
蒸发焓、表面张力的计算在你这次参加的北京科音分子动力学与GROMACS培训班里都有,到时候参加过就明白了

后天就要组会了,这部分工作需要汇报,,,这个问题可能一下两下讲不清楚,现在着急想跟sob老师确认两个问题,就是g_energy分析双相NVT系综所得的#Surf*SurfTen与界面面积有关系吗?比如完全相同的双相体系,一个界面为10×10,另一个界面为5×5,这时候g_energy程序分别给出的两个#Surf*SurfTen计算值,却只有较小的差异。我在http://bbs.keinsci.com/thread-3433-1-1.html看到您提及过一下#Surf*SurfTen,不确定是我用#Surf*SurfTen的时候出了问题,还是使用的系综尺寸有问题(液相水的体积为8.5×8.5×8.5,气相真空的体积为8.5×8.5×17,这样的尺寸合适吗?)

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发表于 2019-5-14 21:06:40 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-5-14 20:03
蒸发焓、表面张力的计算在你这次参加的北京科音分子动力学与GROMACS培训班里都有,到时候参加过就明白了

老师 ,请问,这次培训 会讲gromacs中调用GAFF力场的过程吗?
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发表于 2019-5-14 21:44:44 | 显示全部楼层
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-5-14 21:06
老师 ,请问,这次培训 会讲gromacs中调用GAFF力场的过程吗?

北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
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发表于 2019-5-15 08:02:24 | 显示全部楼层
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