请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 46|回复: 2

[Amber] 求助Amber产生的.nc轨迹文件转.xyz文件

[复制链接]

25

帖子

0

威望

77

eV
积分
102

Level 2 能力者

发表于 2019-5-15 19:04:04 | 显示全部楼层 |阅读模式
请教论坛大神是否有办法提取轨迹文件中每一帧的结构三维坐标信息并保存成.xyz各式

我直接使用cpptraj:
    1 parm *.prmtop
    2 trajin md49.nc 1 25 1
    3 strip :WAT,Na+,Cl-
    4 trajout md49.xyz xyz

得到的结果是不给出帧数分割甚至没有原子名字的:
    1  Cpptraj Generated trajectory
    2    5.034 -15.062 -34.700   5.530 -14.182 -34.709   5.295 -15.449 -35.596   5.498
    3  -15.707 -34.077   3.602 -14.882 -34.513   3.197 -15.839 -34.183   3.402 -13.921
    4  -33.311   3.996 -13.009 -33.391   2.346 -13.662 -33.212   3.783 -14.596 -31.995
    5    4.985 -14.284 -31.412   5.654 -13.574 -31.875   5.324 -14.950 -30.206   6.310
    6  -14.790 -29.796   4.381 -15.783 -29.613   4.593 -16.245 -28.660   3.077 -15.856
    7  -30.054   2.289 -16.416 -29.571   2.787 -15.288 -31.301   1.766 -15.411 -31.633
    8    2.874 -14.313 -35.706   3.461 -13.665 -36.543   1.551 -14.544 -35.852   1.052
    9  -15.093 -35.168   0.806 -14.032 -37.022   1.349 -14.310 -37.928  -0.598 -14.701
   10  -37.189  -1.305 -14.409 -36.410  -0.925 -14.352 -38.171  -0.602 -16.264 -37.260
上海交通大学计算化学与分子生物信息学实验室
Shanghai JiaoTong University
Computational Chemistry and Molecular Bioinformatics Laboratory

CCMBI of SJTU

27

帖子

0

威望

474

eV
积分
501

Level 4 (黑子)

发表于 2019-5-15 19:34:44 | 显示全部楼层
本帖最后由 cokoy 于 2019-5-15 19:36 编辑

没怎么用过amber,强答一波。不能用vmd存成xyz吗?

1万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
41896

管理员

公社社长

发表于 2019-5-15 20:56:51 | 显示全部楼层
VMD载入,保存成xyz格式是最方便的
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。超过4000人,用于交流理论、计算化学。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2019-5-24 10:04 , Processed in 0.155653 second(s), 24 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表