采用polymorph 预测有机分子的晶体结构的重现性问题

zhang1992

各位老师好！

这边在采用Polymorph 预测有机分子的晶体结构时会出现以下几个问题：
1.计算采用不同初始结构时，预测出的晶体结构最低能量会有较大的差别20-50 kcal/mol
2.计算采用相同的初始结构时，同样也会出现较小的差别，2-3kcal/mol

如果出现1现象的时候，我们应该选择哪种初始结构比较好呢？我这边尝试过两种方法，高斯优化后的结构，一种是用MS构象搜索后的结构；这两者差别较大，而且一般情况下，使用高斯优化后的结构预测出来的晶体结构的能量会更低一些。

其次，2现象是否为正常现象。

啃骨魔

Polymorph预测刚性分子还好，预测柔性分子很不可靠，这个软件基于分子动力学，精度较低，而且多年不更新了。
起始构象应该选气态中能量最低的构象吧？
高斯优化结构是基于量化的，应该比构象搜索的可靠。

zhang1992

啃骨魔 发表于 2019-5-16 10:21
Polymorph预测刚性分子还好，预测柔性分子很不可靠，这个软件基于分子动力学，精度较低，而且多年不更新了 ...

那两次计算出来的结果有细微的差别也很正常是吗？

sobereva

“高斯优化后的结构”与“用MS构象搜索后的结构”没有可比性

Gaussian自身做的是极小点优化，只能优化到离初始结构较近的极小点，没法确保优化到能量最小结构。Gaussian结合molclus才能做构象搜索从而得到能量最低结构，仔细看
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

M$的构象搜索很烂，都是基于力场的，而且还不支持高精度有机分子力场，相对于用Gaussian+molclus的做法粗糙至极。

我不怎么用polymorph这个程序，如果这个程序里涉及到随机数，每次运行结果不同是正常的。

hxd_yi

啃骨魔 发表于 2019-5-16 10:21
Polymorph预测刚性分子还好，预测柔性分子很不可靠，这个软件基于分子动力学，精度较低，而且多年不更新了 ...

polymorph一般用MS自带的几种力场，精度实在是太糙。预测方法是MC。不过有机晶体结构预测本身就是大坑。。。

石头

sobereva 发表于 2019-5-16 15:46
“高斯优化后的结构”与“用MS构象搜索后的结构”没有可比性

Gaussian自身做的是极小点优化，只能优化到 ...

Sob老师，假如我想做QM/MM计算，但是没有晶体结构。用什么方法预测晶体结构比较好呢？

sobereva

石头 发表于 2020-1-14 20:42
Sob老师，假如我想做QM/MM计算，但是没有晶体结构。用什么方法预测晶体结构比较好呢？

得说明你算的是什么体系

石头

sobereva 发表于 2020-1-14 23:48
得说明你算的是什么体系

就是算有机小分子体系，具有热活性延迟荧光的小分子。

sobereva

石头 发表于 2020-1-15 09:37
就是算有机小分子体系，具有热活性延迟荧光的小分子。

先用Polymorph试试，不好再考虑别的

石头

sobereva 发表于 2020-1-15 23:34
先用Polymorph试试，不好再考虑别的

嗯嗯，好的，多谢卢老师。