1,4相互作用校正因子的问题

苏玖染

我需要将GLYCAM力场和GAFF力场一起用，但是它们的1,4相互作用校正因子不同，GAFF力场中, 分子内1-4非键相互作用的校正因子为0.5和0.8333, 而GLYCAM力场中二者都是1.0


较好的处理办法： GROMACS可以实现使用混合的1-4非键作用因子。 在GROMACS中只要把[ pairs ]部分的函数类型改成2, 并提供fudgeQQ, q_i, q_j, sigma_ij, epsilon_ij五个参数就可以了。

gromacs手册里面说，在其他力场中, 如OPLS[101], 标准的Lennard-Jones参数减少为原来的1/2, 但在这种情况下, 也会对色散(r-6)和库伦相互作用进行相应的缩放. GROMACS可以使用这些方法中的任何一种.

但是这个缩放因子不是对于相互作用能去缩放的么？在pairs字段中，函数类型如果为2，需要提供fudgeQQ, q_i, q_j, sigma_ij, epsilon_ij，
如果前面[defaults]字段我的fudgeQQ和fudgeij都设成1，那么后面我改使用gaff力场的分子参数，fudgeQQ改成0.8333，sigma_ij, epsilon_ij怎么改？是不是只用改epsilon_ij的值，因为我看这个缩放因子是针对计算完的相互作用能来计算的，根据计算公式，epsilon是在括号外面的；还是如上所说，将sigma_ij和epsilon_ij都改成计算完的值的1/2 ？

wbn

我没用过[ pairs ] type 2, 对于这一点不敢乱说。但是我可以跟你说一下[ pairs ] 这部分是怎么工作的：在 [ moleculetype ] 字段中一般设置 nrexcl 为3， 排除了所有了1-4非键作用。然后你应当手动将所有的1-4原子对加入[ pairs ] 当中。如果 [ pairs ] 后面提供了参数，程序将读取这些参数，如果  [ pairs ] 中没有参数，而且 [ defaults ] 当中设置 gen-pairs 为 yes, 那么程序就根据 [ defaults ] 中的 fudgeLJ 和 fudgeQQ 为 [ pairs ]中每一对计算nonbonded 参数。

所以在你这种情况下你应该自己计算所有pairs 的参数，这样子 [ defaults ] 中的设置就不起作用了。

epsilon_ij 改， sigma_ij 不能改。因为sigma代表两个原子的平衡距离，改了就不对了。当然这里的sigma_ij 和epsilon_ij 都是你根据combine rule 算出来的两个原子结合的数值。

如果你不太清楚你设置得对不对，可以跑一个test MD来测试一下你的能量对不对，手动编辑一下gro 文件，使其指包含你感兴趣的两个原子，手动设置一下他们的距离，top文件里也只留下你感兴趣的项(参照我这个帖子里做的gro 和 top http://bbs.keinsci.com/thread-10180-1-1.html)，然后用类似于这样的mdp 把所有原子冻住算一下体系的能量，看看和你手算的符合不符合

1. title                    = model
   
2. cpp                      = /lib/cpp
   
3. define                   =
   
4. integrator               = md
   
5. dt                       = 0.001
   
6. nsteps                   = 500
   
7. nstxout                  = 10
   
8. nstvout                  = 10
   
9. nstlog                   = 10
   
10. nstenergy                = 10
    
11. nstxtcout                = 10
    
12. xtc-grps                 = TEST
    
13. pbc                      = no
    
14. nstlist                  = 0
    
15. ns-type                  = grid
    
16. rlist                    = 0
    
17. coulombtype              = cut-off
    
18. rcoulomb                 = 0
    
19. rvdw                     = 0
    
20. tcoupl                   = no
    
21. Pcoupl                   = no
    
22. freezegrps               = TEST
    
23. freezedim                = Y Y Y
    
24. constraints              = none
    

复制代码

苏玖染

wbn 发表于 2019-5-17 02:44
我没用过[ pairs ] type 2, 对于这一点不敢乱说。但是我可以跟你说一下[ pairs ] 这部分是怎么工作的：在 [ ...

谢谢您，我再来试试

tjuptz

请问楼主解决这个问题了吗

努力向上的boy

请问您如何实现glycam力场和gaff力场在gromacs里面的应用的？另外您这个问题怎么解决的呢？

diaok

acpype后面的版本加入了生成glycam的1-4相互作用
然后就能混着用了

苏玖染

diaok 发表于 2020-10-16 08:58
acpype后面的版本加入了生成glycam的1-4相互作用
然后就能混着用了

好的，谢谢，虽然我前面是自己写脚本改的

努力向上的boy

diaok 发表于 2020-10-16 08:58
acpype后面的版本加入了生成glycam的1-4相互作用
然后就能混着用了

您好，这个是怎么实现的呢？

446584935

wbn 发表于 2019-5-17 02:44
我没用过[ pairs ] type 2, 对于这一点不敢乱说。但是我可以跟你说一下[ pairs ] 这部分是怎么工作的：在 [ ...

借楼请教一下，我现在模拟多糖和小分子的混合物，多糖用Glycam力场生成了gmx运行的top文件,小分子用GAFF力场。是不是只要[pairs]里面有参数，哪怕[defaults] gen-pairs 是yes,程序会优先读取[pairs]里面的参数，而不是根据[ defaults ] 中的 fudgeLJ 和 fudgeQQ计算nonbonded 参数，不知道我理解的对不对？
Glycam力场生成的多糖[pairs]里面有参数，我想跟GAFF混用，只需要把gen-pairs 改为yes，校正因子写为0.5和0.8333就可以？