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[GROMACS] 如何获取pdb文件以及写gromacs模拟退火的输入文件

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     各位老师好!我刚刚接触动力学模拟,感觉非常难。我想用gromacs算一个10肽的全局最稳定的构象,想用模拟退火的方法去做。现在我有10肽的氨基酸序列,而且主链是有手性的,如何获取这样的pdb文件呀?我的做法是用chem3D把相应画好序列的chemdraw文件打开,然后保存成mol文件,再用gview保存成pdb文件,但是发现没有残基号,这该怎么办呀?下一步的模拟退火mdp文件该如何书写呀,能不能给一个模板呀?谢谢老师啦

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发表于 Post on 2019-5-28 18:41:48 | 只看该作者 Only view this author
chem3D在建模方面很垃圾,更不适合建这个。
有现成的构建工具
ProBuilder:http://nova.colombo58.unimi.it/probuilder.htm



北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-31 15:38:55 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师

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发表于 Post on 2023-6-30 16:33:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-28 18:41
chem3D在建模方面很垃圾,更不适合建这个。
有现成的构建工具
ProBuilder:http://nova.colombo58.unimi. ...

这个网页打不开呢

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发表于 Post on 2023-7-1 06:59:40 | 只看该作者 Only view this author
annaqz 发表于 2023-6-30 16:33
这个网页打不开呢

挂了呗
看清楚发帖日期
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2023-7-1 22:33:41 | 只看该作者 Only view this author
annaqz 发表于 2023-6-30 16:33
这个网页打不开呢

可以使用python库peptideBuilder

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发表于 Post on 2023-7-3 10:49:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-1 06:59
挂了呗
看清楚发帖日期

嗯呢,那现在还有类似的网站吗?

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发表于 Post on 2023-7-3 10:51:16 | 只看该作者 Only view this author
对抗路达摩 发表于 2023-7-1 22:33
可以使用python库peptideBuilder

好滴,我看看。谢谢!

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