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[Material Studio] 新手求助:请问MS中哪个模块可以算反应力场,得到反应产物结构

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有看到GULP的力场中有反应力场,该模块可以计算得到产物含量和表达式吗?

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发表于 Post on 2019-6-1 14:22:15 | 只看该作者 Only view this author
MS可以算反应力场的?
由衷的感谢每一位给与过我帮助的人

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3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-1 15:15:18 | 只看该作者 Only view this author

看到GULP中有反应力场ReaxFF5.5&6.0,试着用了一下,为什么在NVE下计算后分子结构变化很大,而且跑到盒子外面去了,感觉不靠谱

GULP.jpg (147.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 77)

GULP.jpg

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发表于 Post on 2019-6-1 17:55:15 | 只看该作者 Only view this author
真要做反应,就拿LAMMPS,再好一点用从头算,M$里的个人感觉不靠谱。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-2 13:12:24 | 只看该作者 Only view this author
ShuangfeiZhu 发表于 2019-6-1 17:55
真要做反应,就拿LAMMPS,再好一点用从头算,M$里的个人感觉不靠谱。

感谢回复。因为不是主要研究量化计算,想用操作比较简便的软件,请问您LAMMPS、ORCA等软件上手快吗,需要手写程序吗?

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发表于 Post on 2019-6-2 14:00:35 | 只看该作者 Only view this author
我用过独立的gulp做反应力场计算,当然是可以用的,不过因为gulp的力场格式和Reaxff的格式不同,转换起来麻烦,后来就直接用lammps了。
reaxff的参数有很多套,对于新的体系要多测试几种。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-2 14:43:27 | 只看该作者 Only view this author
get-it 发表于 2019-6-2 14:00
我用过独立的gulp做反应力场计算,当然是可以用的,不过因为gulp的力场格式和Reaxff的格式不同,转换起来麻 ...

您好,请问LAMMPS上手快吗,需要手写程序吗?我想计算的是气体体系在温度变化时的反应产物,不知道LAMMPS可行吗(计算小白还请您回答一下,感谢)

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发表于 Post on 2019-6-2 15:30:26 | 只看该作者 Only view this author
AJ86 发表于 2019-6-2 13:12
感谢回复。因为不是主要研究量化计算,想用操作比较简便的软件,请问您LAMMPS、ORCA等软件上手快吗,需要 ...

问这种问题的时候先明确说明到底自己想研究什么,你一开始提反应力场,但是根据你当前的表述,又显得不是非得用反应力场不可,令人非常混乱。lammps和ORCA的应用领域差十万八千里。

如果量化计算范畴就可以解决的,Gaussian是最好用的,没有之一,见
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html

如果你不想为了买Gaussian而花钱,那首选就是ORCA,但远没有Gaussian对零基础新人那么友好。

如果是量化程序算不动的大体系,或者动力学过程,不得不用反应力场这种粗糙方式来描述反应,那首选就是lammps,免费,而且对于reaxFF而言是最主流的实现程序。但上手没那么容易。
至于M$完全没有考虑的必要,贼老贵,程序本身完全不值那钱

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-6-2 15:34:32 | 只看该作者 Only view this author
AJ86 发表于 2019-6-2 14:43
您好,请问LAMMPS上手快吗,需要手写程序吗?我想计算的是气体体系在温度变化时的反应产物,不知道LAMMPS ...

上手不快
搞清楚什么叫程序、脚本和输入文件

问这种问题时候把具体要算的问题描述充分,只有描述得越充分,才越有可能得到有效的回复
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-2 15:37:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-2 15:30
问这种问题的时候先明确说明到底自己想研究什么,你一开始提反应力场,但是根据你当前的表述,又显得不是 ...

实在抱歉sob老师,因为对软件的原理不懂,我想研究的问题是混合气体在温度变化下的反应产物,看到有人用过ReaxFF计算过,才提出反应力场的,请问您用哪种软件会比较合适呀

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-2 15:43:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-2 15:34
上手不快
搞清楚什么叫程序、脚本和输入文件

恩,谢谢sob老师回答

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发表于 Post on 2019-6-2 16:02:30 | 只看该作者 Only view this author
AJ86 发表于 2019-6-2 15:37
实在抱歉sob老师,因为对软件的原理不懂,我想研究的问题是混合气体在温度变化下的反应产物,看到有人用 ...

如果牵扯到动力学,而且原子数很多,这类问题通常只能用reaxFF,量化程序算不动。Lammps是首选
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-2 16:11:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-2 16:02
如果牵扯到动力学,而且原子数很多,这类问题通常只能用reaxFF,量化程序算不动。Lammps是首选

谢谢老师。是的,涉及的原子较多,LAMMPS计算后可以分析整个体系各个产物化学式和含量吗

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发表于 Post on 2019-6-3 01:04:14 | 只看该作者 Only view this author
AJ86 发表于 2019-6-2 16:11
谢谢老师。是的,涉及的原子较多,LAMMPS计算后可以分析整个体系各个产物化学式和含量吗

这些是后处理的要干的事,目前Lammps不带这些工具。
有一些现有的开源ReaxFF后处理工具可供参考:
Chemical Trajectory Analyzer:https://sourceforge.net/projects/chemtrayzer/

PS: ADF倒是自带一些后处理工具,不过ADF太贵。
PPS: 国内的中科院过程所“好像”搞了一套GPU加速的ReaxFF code和后处理工具VARxMD,但似乎只是他们私用的,只见过文章没见过公开的code。

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发表于 Post on 2020-4-14 15:20:14 | 只看该作者 Only view this author
Mikasa 发表于 2019-6-3 01:04
这些是后处理的要干的事,目前Lammps不带这些工具。
有一些现有的开源ReaxFF后处理工具可供参考:
Chemi ...

中科院他们搞的后处理程序VARxMD,他们好像是卖的,不过具体几万忘了,之前看到过西南科技的学生用他们的程序。

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