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[辅助/分析程序] 求助chemshell接口QM/MM优化报错

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发表于 2019-6-10 11:48:13 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 jiang012582 于 2019-6-11 15:30 编辑

使用chemshell接口利用QM/MM来优化分子,首先将单晶保存为pdb文件,放到MS里重新按类型排列原子保存为pdb文件,将坐标拷入super.pdb作为输入文件,首先结合高斯在进行resp静电势电荷拟合,应用于amber力场,将得到的1.inpcrd和1.prmtop文件在chemshell力场下进行优化,优化基态S0出现以下报错

define.log文件报错

define.log文件报错

请问老师这可能是哪里出错了,是在拟合静电势电荷出错了吗?这是我的文件
我也没有搜到具体解决方法,麻烦有懂的老师帮忙看看,谢谢谢谢

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发表于 2019-6-10 12:15:49 | 显示全部楼层
和原子电荷不像有任何直接关系
这种很小众程序基本搜不到有用信息,联系开发者最快
8成是调用量化程序计算QM部分时候存在异常,诸如QM计算用的模型不合理,结果导致提示的HOMO-LUMO gap非常小的警告

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 楼主| 发表于 2019-6-10 14:57:54 | 显示全部楼层
老师这个是可能是我把单晶放到mercury里面选择packing and slicing堆积构建的模型不合理吗,谢谢老师

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发表于 2019-6-11 10:29:01 | 显示全部楼层
jiang012582 发表于 2019-6-10 14:57
老师这个是可能是我把单晶放到mercury里面选择packing and slicing堆积构建的模型不合理吗,谢谢老师

这和个没有必然关系。得肉眼查看结构判断有无异常
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 楼主| 发表于 2019-6-11 15:22:37 | 显示全部楼层
谢谢老师
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